Kehebatan agen rahasia CIA, Jason Bourne dalam mengalahkan musuh-musuhnya setara dengan agen-agen rahasia lainnya di film-film aksi spionase seperti agen rahasia berkode 007 dari IMF (Inggris): James Bond, dan Ethan Hunt dari IMF Inggris dalam franchise “Mission Impossible”.
Namun Jason Bourne yang diperankan oleh Matt Damon mempunyai keunikan tersendiri yang tidak dipunyai oleh agen-agen rahasia seperti James Bond, Ethan Hunt, dan lain-lain, yaitu jika James Bond dan Ethan Hunt dalam menjalankan misinya berdasarkan perintah dari atasannya masing-masing (CIA, IMF) untuk menyelamatkan dunia dari penjahat psikopat, juga dibantu dengan peralatan spionase yang serba canggih, yang bahkan saking canggihnya hanya ada di film alias fiksi, demikianjuga dengan aksi-aksi mereka yang sebagian darinya hanya mungkin terjadi di dalam film, tidak demikian dengan Jason Bourne.
Meskipun seorang agen rahasia CIA, Jason Bourne beraksi melawan musuh-musuhnya bukan berdasarkan perintah dari atasannya (CIA), apalagi dibantu dengan peralatan spionase canggih, justru sebaliknya ia harus berjuang menyelamatkan dirinya sendiri dari kejaran musuh-musuhnya yang terus memburu untuk membunuhnya atas perintah atasan mereka di CIA.
Senjata ampuhnya adalah kedua tangannya, dan benda apa pun yang ada di dekatnya yang bisa diapakai untuk melumpuhkan dan membunuh lawan-lawannya. Maklum, Jason Bourne memang telah diprogram oleh CIA untuk menjadi mesin pembunuh yang sangat efektif yang telah dicuci otaknya.
Program yang sangat rahasia yang sesungguhnya ilegal bernama Blackbriar itu diadakan oleh sekelompok petinggi CIA yang menamakan kelompok mereka: “Treadstone”.
Dengan tingkat kerahasiaan yang tertinggi sampai bahkan pemerintah pun tidak tahu, Treadstone dengan program Blackbriar-nya merekrut sejumlah agen rahasia CIA yang terbaik di antara yang terbaik.
Mereka dicuci otaknya, lalu dilatih secara khusus untuk menjadi mesin pembunuh yang paling efesien, tanpa perasaan, tanpa nurani, tanpa bertanya, tahunya hanya menjalankan perintah dari Treadstone untuk membunuh setiap orang yang dianggap musuh-musuh Amerika di seluruh dunia.
Salah satu mesin pembunuh dari program Blackbriar itu adalah Jason Bourne.
Namun di tengah jalan, program Blackbriar berantakan, gagal dijalankan sebagaimana direncanakan, alhasil program tersebut pun terancam bocor ke publik.
Para petinggi CIA di Treadstone pun kelabakan, karena jika Blackbriar sampai bocor, maka itu akan menjadi skandal terbesar yang belum pernah ada sebelumnya di dalam sejarah CIA, dan hukuman maha berat sudah pasti menunggu mereka semua. Maka untuk mencegah hal itu terjadi penyalahgunaan wewenang olah para petinggi CIA itu berlanjut dengan mengirim pembunuh bayaran andalan CIA untuk menghabisi satu per satu mesin-mesin pembunuh yang terlanjur diciptakan dari Blackbriar itu, termasuk Jason Bourne.
Jason Bourne berhasil ditemukan oleh si pembunuh, ia berhasil menembak Bourne dua kali di tubuhnya. Jason Bourne terjatuh dan hanyut di laut, terapung di Laut Meditterania. Namun ia tidak mati, hanya pingsan, dan ditemukan serta ditolong oleh para pelaut yang kebetulan kapalnya melewati lokasi itu.