Berawal dari hilangnya detektif terkenal yang sedang diincar oleh banyak orang yaitu Harry Goodman secara tiba-tiba. Dikabarkan bahwa Harry Goodman meninggal dunia dalam kecelakaan tunggal. Namun setelah beberapa tahun, sang anak yang bernama Tim Goodman merasa bahwa ada sesuatu yang ganjil dalam tragedi kecelakaan tunggal yang menewaskan sang ayah.
Tim Goodman tinggal di Ryme City, kota tersebut merupakan kota yang terbilang unik karena manusia yang tinggal di kota tersebut hidup bersama dengan pokemon. Tim tinggal bersama sang nenek, lalu ia mendatangi apertemen miliknya ketika ia tinggal bersama ayahnya semasa ayahnya masih hidup.
Tak disangka, di apartemen tersebut ternyata ditinggali oleh pokemon yaitu bernama Pikachu. Pikachu merupakan detektif yang menemani sang ayah selama bertahun-tahun. Tim merasa kaget ketika ia dapat mengerti apa yang Pikachu katakan dan mereka dapat saling berbicara satu sama lain.
Lalu akhirnya Tim dan Pikachu menelusuri jejak informasi mengenai kecelakaan Harry Goodman, dan menemukan fakta-fakta baru yang mencengangkan, hingga akhirnya Tim mengetahui bahwa teman sang ayah tengah merencanakan misi jahat untuk menghancurkan kedamaian kota dan pokemon.