Bakteri merupakan organisme yang tidak dapat dilihat secara langsung menggunakan mata telanjang, tetapi harus dilihat menggunakan alat bantu yaitu mikroskop. Bakteri merupakan organisme bersel tunggal yang tidak termasuk ke dalam kingdom plantae maupun animalia. Bakteri dapat hidup secara sendiri maupun berkelompok (berkoloni). Bakteri dapat dibedakan berdasarkan berbagai macam hal. Yang pertama, bakteri yang dibedakan berdasarkan bentuk, yaitu :
Bacilli, adalah bakteri yang tubuhnya berbentuk batang. Basil dibedakan menjadi menjadi tiga, yaitu Monobacillus (hidup secara sendiri atau tunggal), Diplobacillus (hidup berpasang-pasangan), dan Streptobacillus (membentuk koloni sehingga bentuknya terlihat seperti rantai)
Spirilla, adalah bakteri yang tubuhnya berbentuk spiral. Spirilla dibedakan menjadi tiga, yaitu Spirillum (lengkungannya lebih dari setengah lingkaran), Spirochaeta (lengkungannya panjang dan berulang seperti per), dan Comma (lengkungannya berbentuk setengah lingkaran).
Coccus, adalah bakteri yang tubuhnya berbentuk bulat. Bakteri dalam bentuk ini dibedakan menjadi lima, yaitu Monococcus (berbentuk bola tunggal), Diplococcus (hidup berkoloni, berjumlah dua), Streptococcus (hidup berkoloni dan terlihat menjadi seperti rantai), Staphylococcus (hidup berkoloni membentuk anggur), dan Sarcina (hidup berkoloni membentuk kubus).
Pembedaan bakteri yang kedua adalah berdasarkan apakah ia menguntungan bagi kehidupan makhluk hidup atau tidak. Bakteri ada yang berperan sebagai parasit dan ada juga yang berperan tidak sebagai parasit.
Bakteri yang berperan sebagai parasit dapat menyebabkan berbagai macam penyakit apabila mereka tinggal di dalam suatu makhluk hidup, misalnya bakteri Chlamydia yang menyebabkan penyakit klamidia, bakteri Neisseria gonorrhae yang menyebabkan penyakit kencing nanah, dan bakteri Treponema pallidum yang menyebabkan penyakit sifilis atau raja singa.
Mengesampingkan bakteri yang berperan sebagai parasit yang merugikan bagi kehidupan suatu makhluk hidup, terdapat juga bakteri-bakteri yang berperan tidak sebagai parasit. Bakteri-bakteri yang tidak berperan sebagai parasit dapat sungguh menguntungkan bagi kelangsungan hidup suatu makhluk hidup.
Bakteri yang tidak berperan sebagai parasit juga dapat berperan untuk membantu membuat berbagai macam bahan makanan, misal bakteri Lactobacillus casei yang berperan dalam memproduksi keju, Acetobacter xylinum yang berperan dalam pembuatan Nata de coco, dan Streptococcus lactis yang berperan dalam pembuatan mentega.
Yang ketiga, bakteri juga dapat dibedakan berdasarkan kebutuhan oksigen. Diantaranya adalah :
Bakteri Aerob, yaitu bakteri yang memerlukan oksigen bebas dalam proses respirasi. Oleh karena ia membutuhkan oksigen untuk rspirasi, ia tidak dapat hidup di tempat yang tidak terdapat oksigen atau hanya mengandung sedikit oksigen. Oksigen diperlukan untuk memecah bahan organik menjadi energi. Contoh bakteri aerob adalah bakteri Nitrosococcus dan bakteri Nitrobacter.
Bakteri Anaerob adalah bakteri yang tidak memerlukan oksigen bebas untuk memperoleh energinya. Energi diperoleh bakteri ini dari proses perombakan senyawa organik tanpa menggunakan oksigen. Proses perombakan ini disebut dengan proses fermentasi. Bakteri anaerob dibedakan menjadi dua macam, yaitu bakteri anaerob obligat dan bakteri anaerob fakultatif.