Shin Ultraman berkisah tentang kekacauan bumi akibat serangan Kaiju dari berbagai penjuru. Bumi sudah dalam tatanan yang tidak harmonis.
Manusia telah berusaha semaksimal mungkin untuk membasmi ancaman-ancaman tersebut, namun pada akhirnya... mereka harus menghadapi yang tidak dapat dihadapi.
Pada titik ini, tiba-tiba cahaya bak meteor jatuh ke bumi. Sesosok alien mucul dan oleh manusia diberi nama Ultraman. Lipiah, demikian nama aslinya dari tanah cahaya, berhasil menghajar kaiju-kaiju misterius itu, seperti Neronga dan Gabora.
Secara supranatural, Lipiah kemudian masuk manunggaling dengan tubuh Shinji Kaminaga. Shinji yang saat ini sekarat setelah menolong seorang bocah, tiba-tiba "hidup" kembali dengan stamina prima.
Kini ia menjadi bagian dari Ultraman. Ultraman di dalam Shinji, dan Shinji di dalam Ultraman, seperti kisah dalam jagad Dewa Ruci dan Bima Sakti.
Serangan berikutnya datang dari para Alien, Zarab dan Mephilas yang ingin mengakuisisi pemerintahan bumi. Bahkan Mephilas mengajak Lipiah untuk berkonspirasi membangun pemerintahan baru. Hingga hadirnya Zoffy (sosok yang nyaris serupa dengan Lipiah) yang justru ingin memusnahkan umat manusia.
Baginya manusia telah bertindak di luar batas dan merusak keseimbangan semesta raya. Zoffy merilis mesin penghancur bernama Zetton. Bentuknyapun aneh, seperti salib mekanik yang melayang. Satu-satunya cara mengalahkan Zetton adalah dengan memanipulasi kapsul beta memasuki tubuh Zetton dan kemudian menghancurkannya dari dalam.
Zetton hancur dan Ultraman melayang dalam dimensi semacam astral. Diantara hidup dan mati, ia kembali bertemu dengan Zoffy, sosok yang terkesan maha kuasa.
Zoffy bercakap pada Lipiah, percakapan yang damai dan penuh makna yang lebih tinggi dari kehidupan itu sendiri. Zoffy meminta Lipiah meninggalkan tubuh Shinji, yang artinya Shinji harus benar-benar kehilangan nyawa.
Dalam kondisi ini, Lipiah tetap bersikeras ingin menyatu dengan tubuh manusia. Ia melihat manusia sebagai ciptaan yang indah dan penuh harapan.