Seminari yang berada tak jauh dari kota Yogyakarta dan dilindungi oleh Santo Petrus Canisius adalah Seminari Menengah Santo Petrus Canisius Mertoyudan Magelang. Seminari adalah lembaga pendidikan yang melatih siswa-siswanya menjadi seorang calon imam Gereja Katolik. Seminaris, sebutan siswa Seminari, dididik dengan baik dan difasilitasi dengan baik untuk mendorong formasi para calon gembala Gereja tersebut. Seminari Menengah Santo Petrus Canisius Mertoyudan Magelang merupakan kerjasama antara Keuskupan Agung Semarang, Provinsialat Serikat Yesus Indonesia (SJ) dan ordo Keluarga Kudus (MSF), oleh karena itu, para formator yang bertugas untuk mendidik para Seminaris yang berada di dalam Seminari ini merupakan anggota dari ordo atau tarekat tersebut, maupun merupakan imam diosesan Keuskupan Agung Semarang.
Seminari Menengah Santo Petrus Canisius Mertoyudan Magelang sudah berdiri sejak 1912, dengan semua tantangan dan kesulitan yang sudah dilalui, Seminari ini sudah berdiri hampir 113 tahun. Dalam masa 113 tahun itu, Seminari ini sudah menjalani banyak sekali tantangan-tantangan yang tidak kunjung berhenti. Di zaman penjajahan Belanda, Seminari ini menjalani banyak proses penyempurnaan dan perkembangan. Sedangkan di zaman penjajahan Jepang, Seminari ini tidak berjalan mulus seperti sebelumnya, gedung Seminari Mertoyudan diduduki Jepan sehingga pendidikan calon imam harus diberikan secara sembunyi-sembunyi di paroki-paroki sekitar, situasi ini bertahan hingga Indonesia membacakan proklamasi kemerdekaan pada tahun 1945. Pasca proklamasi Indonesia, keadaan Seminari juga tidak kunjung membaik, gedung Seminari sempat dibumihanguskan sehingga Seminari harus kembali dalam masa pembangunan hingga tahun 1952. Di tahun 1952, gedung Seminari yang sudah dibangun kembali diberkati oleh Mgr. Albertus Soegijapranata, SJ. Sejak tahun 1952, Seminari Menengah St.Petrus Canisius Mertoyudan Magelang berkembang dan berkembang hingga menjadi Seminari yang dikenal hingga saat ini.
Seminari dikenal sebagai pendidikan calon imam selama 4 tahun. Dalam 4 tahun itu, para seminaris dididik dengan menekankan habitus-habitus yang didasari 3 pilar yaitu sanctitas (kesucian), sanitas (kesehatan), dan scientia (ilmu pengetahuan) atau sering dikenal sebagai 3S. Habitus-habitus yang baru bagi seminaris mendorong mereka untuk berkembang secara rohani, fisik maupun ilmu pengetahuan hingga setelah proses 4 tahun, Seminari ini melahirkan bibit-bibit calon imam yang kaya. Oleh sebab itu, para pemuda dari berbagai penjuru Indonesia dan berbagai latar belakang yang dipanggil olehNya untuk melayani sebagai gembala Gereja menjadikan Seminari Menengah St.Petrus Canisius Mertoyudan pilihannya sebagai langkah pertama untuk menjadi gembala Gereja masa depan. Demi kemuliaan Tuhan yang lebih besar!