Salah satu proses yang menjadi perbincangan seputar G30S adalah perjalanan Aidit di Yogyakarta dan Jawa Tengah selain Terbangnya Omar Dhani ke Jawa Timur. Pada tanggal 01 Oktober 1965 tengah malam, Syam meminta Aidit untuk meninggalkan Jakarta menuju Yogyakarta ditemani oleh Kusno seorang pengawal atau asisten. Penerbangan itu menggunakan pesawat milik AURI. Menurut Syam setibanya di Yogyakarta Aidit akan dijemput oleh Ketua CDB PKI Yogya. Sesampainya di Yogyakarta tidak ada seorangpun yang datang menjemputnya.
Bersama Kusno dan seorang supir dari AURI, Aidit diantar menuju rumah Ketua CDB PKI Yogya dan itupun ternyata salah alamat. Rumah yang dituju ternyata rumah seorang anggota NU. Dari sanalah jejak Aidit mulai terlihat. Untuk menghapus jejak tersebut, Aidit berputar-putar di Jawa Tengah pada periode Oktober 1965 hingga tertangkap di Solo. Selanjutnya kita semua tahu versi paling laris tentang akhir hidup Dipa Nusantara Aidit, tewas diberondong peluru oleh Kolonel Yasir di salah satu komplek militer wilayah Boyolali dan jasadnya dimasukkan ke dalam sebuah sumur lalu sumur tersebut ditimbun. Dan jejak Aidit hilang hingga saat ini.
Salah satu yang jadi perhatian Penulis adalah apa tujuan Aidit ke Jawa Tengah dan Yogyakarta. Sebetulnya, Aidit telah meninggalkan rumah tempat tinggalnya pada tanggal 30 September 1965 sebelum G30S dilakukan. Dia dijemput oleh seseorang tentara yang tidak jelas siapa itu dan pergi meninggalkan rumah setelah bertengkar dengan istrinya. Pesannya pada adiknya yaitu Murad Aidit adalah matikan lampu teras.
Konon di setelah sampai di Yogyakarta dan Jawa Tengah, Aidit sempat berkeliling dari Semarang, Salatiga hingga Solo. Kenapa Jawa Tengah jadi pilihan, karena di wilayah ini terdapat dua daerah yang sangat “merah”. Kota Solo sendiri dan Kabupaten Boyolali. Saat itu PKI sangat dominan bahkan walikota Solo saat itu dari golongan komunis. Disamping itu, konon banyak pejabat militer di Jawa Tengah dan Yogyakarta menjadi simpatisan bahkan terpengaruh paham komunis.
Ada dua hal yang mungkin menjadi alasan Aidit terbang ke Jawa Tengah. Yang pertama, menggalang kekuatan komunis di Jawa Tengah. Gerakan 30 S di Jakarta pada awalnya bertujuan sebagai sumbu yang akan meletuskan gerakan-gerakan serupa di daerah-daerah. Berjalannya G30S diharapkan menggerakan pejabat-pejabat militer di daerah untuk menyusul mendirikan dewan revolusi dari wilayah provinsi hingga kecamatan.
Agaknya perjalan Aidit ke daerah Jawa Tengah dan Yogyakarta tidak menemukan sebuah terobosan yang berarti bagi G30S. Dari beberapa literatur, diketahui Aidit menggunakan kesempatan di Jawa Tengah dan Yogyakarta untuk mengumpulkan ketua CDB baik wilayah Yogyakarta maupun Jawa Tengah dan melaksanakan rapat-rapat dengan anggota PKI di daerah untuk merencanakan gerakan lanjutan setelah G30S. Mengingat pada saat itu gerakan contra G30S sudah dilakukan diberbagai daerah.
Ada sebuah berita yang harus digali lagi dari sumber sejarah. Hal tersebut berkaitan dengan pertemuan Aidit dan Dandim (entah perwakilan atau sekaligus ke 30 Dandim di Jawa Tengah dan Yogyakarta). Dalam pertemuan tersebut ada kesanggupan dari Dandim tersebut untuk mengangkat senjata mendukung G30S. Tentu saja Dandim tersebut merupakan simpatisan PKI. Dan inilah yang menjadi kelemahan Aidit. Aidit itu adalah pimpinan organisatoris bukan pimpinan gerakan. Tawaran tersebut entah tidak ditanggapi oleh Aidit atau lebih jauhnya ditolak. Bisa saja Aidit menolak tawaran ini karena tidak mau PKI langsung terseret dalam pusara kekacauan pasca G30S. Ketika Aidit menerima tawaran ini secara langsung memberikan gambaran bahwa PKI berada di belakang Gerakan 30 S. Selain itu, memungkinkan terjadi perang berdarah di Jawa Tengah dan sekitarnya.
Sembari terus bersembunyi dari kejaran TNI, Aidit berusaha untuk menghubungi kawan-kawannya di Jakarta untuk membela posisi PKI. Pemimpin PKI di Jakarta harus berusaha meyakinkan Sukarno sebagai presiden dan kabinet bahwa PKI tidak mendalangi G30S. Berulang kali pula Aidit berusaha mengirim surat ke Sukarno. Yang kemungkinan surat-surat tersebut tidak jadi dikirim atau tidak pernah sampai tujuan. Yang jelas, Aidit masih berupaya untuk mempertahankan PKI secara politik.
Alasan kedua Aidit di Jawa Tengah adalah bersembunyi. Bagi organisasi komunis, keberadaan pemimpin dan anggota adalah sebuah simbol berdiri dan langgengnya pergerakan. Selama ada pemimpin dan anggota maka organisasi akan terus berdiri dan tumbuh. Siasat ini pula yang dilakukan oleh anggota PKI yang menjadi pelarian saat terjadi Madiun Affairs 1948. Pada peristiwa itu, karena Pemberontakan Madiun bersifat militer maka terdapat beberapa anggota PKI non militer yang dapat meloloskan diri dari kejaran TNI. Disamping kondisi RI masih dalam perjuangan membebaskan diri dari Belanda.
Sembari bersembunyi, Aidit terus menggalang dukungan dari anggota-anggota PKI di daerah. Sebagai basis PKI, tidak sulit bagi Aidit untuk menemukan tempat yang sesuai untuk bersembunyi. Hanya saja faktor yang tidak diperhitungkan Aidit adalah adanya mata-mata yang mengikuti kemana pun Aidit pergi.
Efek kepergian Aidit ke Jawa Tengah ternyata memberikan efek negatif kepada G30S dan PKI. Seandainya, Aidit masih tetap berada di Jakarta mungkin komunikasi politik PKI kepada Sukarno masih bisa berjalan dengan baik. Aidit masih bisa mempengaruhi Sukarno untuk membela PKI. Tapi menghilangnya Aidit semakin menyudutkan PKI. Suara Nyoto di Sidang Kabinet tidak digubris. Dan perkiraan dari para oknum-oknum yang keblinger bahwa Sukarno akan mendukung secara politik G30S tidak terjadi. Gagalnya G30S menjadi titik balik PKI dan anggotanya di Indonesia.