Pada tanggal 22 Juli 2014 yang lalu, pukul 19,di area pengambilan bagasi Air Asia di Terminal 3 Bandara Soekarno-Hatta, Kepala Kejaksaan Negeri Jakarta Pusat membawa 12 orang menyergap dan menangkap Hotasi Nababan di hadapan isteri dan kedua anaknya yang masih kecil-kecil. Mereka baru pulang berlibur dari Bali. Hotasi dipermalukan dengan drama eksekusi yang dilakukan seperti menangkap teroris di hadapan banyak orang.
Kejari menjelaskan perintah langsung dari Jaksa Agung waktu itu dengan hanya membawa Petikan Putusan MA (bertentangan dengan pasal 270 KUHAP). Kedua anak Hotasi menangis saat mereka harus berpisah dengan ayahnya. Malam itu juga Hotasi langsung dibawa dengan 2 mobil ke penjara Sukamiskin, Bandung. Inilah momen tragis dari proses pemaksaan pidana oleh Kejaksaan Agung atas perkara perdata MNA.
Waktu dilantik menjadi Dirut PT. Merpati Nusantara Airlines (MNA) pada tahun 2002, Hotasi Nababan masih berusia 36 tahun dan terhitung Direktur Utama BUMN termuda saat itu. Setelah berkarir lama di perusahaan multi-national General Electric (GE), Hotasi memutuskan terjun ke manajemen BUMN dengan ikhtiar membawa transformasi dalam organisasi, SDM, dan rantai bisnis.
Untuk membuat MNA mampu bersaing dengan airlines baru yang agresif seperti Lion, Adam, dan Air Asia, Direksi MNA melakukan efisiensi organisasi dan operasional secara cepat. Jumlah pegawai berkurang dari 4200 menjadi 2300 orang tanpa gejolak. Hutang ke pihak ketiga berhasil di negosiasi hingga mendapat pemotongan mencapai 75%. Hotasi juga memberi contoh dalam hal integritas dan kerja keras.
Persaingan airlines domestik makin sengit sehingga membuat beberapa airlines bangkrut, apalagi di saat kenaikan BBM hingga di atas US$ 100. Setelah 6 tahun menjabat, Hotasi mundur pada bulan Februari 2008 karena bertanggungjawab atas kerugian MNA di tahun 2007 sesuai janjinya kepada Pemerintah. Hotasi adalah Dirut terlama dalam sejarah MNA selama 52 tahun.
Di era itu, MNA selalu mengalami kesulitan mencari sewa pesawat karena banyaknya airlines berbiaya rendah (Low Cost Carrier) di seluruh dunia menginginkan pesawat yang efisien. Sementara itu reputasi keuangan MNA masih buruk. Pada akhir 2006 terjadilah perkara yang akhirnya menyeret Hotasi ke pusaran hukum yang kacau.
Perkara ini dimulai dari kegagalan (wanprestasi) Lessor Thirdstone Aircraft Leasing Group (TALG) dari AS untuk menyerahkan dua (2) pesawat Boeing 737 kepada PT. MNA sesuai perjanjian dalam Lease of Aircraft Summary of Terms (LASOT) tanggal 18 Desember 2006. Kemudian TALG menggunakan Security Deposit sejumlah US$ 1 Juta yang telah ditempatkan PT. MNA ke kantor hukum Hume Associates sebagai escrow agent dan tidak mau mengembalikannya.
MNA berupaya keras mengejar pengembalian Security Deposit itu dengan menggugat TALG ke pengadilan Washington, mengejar pemilik TALG, dan meminta Kejaksaan Agung RI membantu pengejaran ke AS. Pada Juli 2007 MNA memenangkan gugatan perdata atas TALG di pengadilan Washington.
Kedua pemilik TALG, Jon Cooper dan Alan Mesner, mengaku menggunakan uang deposit itu dan berjanji untuk mengembalikannya. Karena pengembalian uang itu seret, Hotasi dan Direksi MNA memutuskan untuk menggugat pidana atas kedua orang itu. Pada akhirnya di Mei 2014 kedua orang itu di vonis bersalah dan dipenjara selama 1.5 tahun.
Di tahun 2007, atas laporan 2 karyawan MNA yang terkena rasionalisasi, KPK dan Bareskrim Polrimelakukan penyelidikan atas perkara ini. Setelah melakukan penyelidikan yang mendalam, Bareskrim menyimpulkan tidak ada pidana korupsi pada September 2007. Kemudian pada Oktober 2009, KPK juga mengatakan tidak ditemukan unsur pidana karena justru MNA menjadi korban penggelapan kedua pemilik TALG itu.
Pada Mei 2011 terjadi kecelakaan pesawat MNA tipe MA-60 di Kaimana (Papua) yang membawa korban 25 jiwa. Presiden SBY menyuruh Kejaksaan Agung memeriksa MNA.Bukannya mendalami kasus itu, Kejaksaan Agung malah memproses perkara Deposit Pesawat di tahun 2006 itu, yang sama sekali tidak ada kaitannya peristiwa kecelakaan pesawat tipe MA-60 itu. Mantan Direksi PT MNA termasuk Hotasi, diperiksa oleh Kejaksaan Agung.
Pada 16 Agustus 2011, Kejaksaan Agung menetapkan Hotasi, mantan Direktur Utama PT. MNA 2002-2006 sebagai Tersangka Pidana Korupsi dan membawa kasus ini ke Pengadilan Tipikor Jakarta.
Setelah melalui 9 bulan proses persidangan yang memeriksa 17 Saksi dan 7 Ahli, maka pada tanggal 19 Februari 2013 Majelis Hakim Pengadilan Tipikor Jakarta memutuskan Vonis Bebas (vrijspaak) atas Hotasi karena tidak ditemukan niat jahat (mens rea) dan Direksi PT MNA telah mengambil keputusan dengan hati-hati, sesuai prosedur, dan tanpa konflik kepentingan.
Hotasi mendapat banyak dukungan dan testimoni dari berbagai pihak, terutama dari Kementerian BUMN selaku Pemilik MNA dan Pakar Hukum, antara lain:
Sofyan Jalil sebagai Menteri BUMN saat perkara terjadi memberi kesaksian di pengadilan pada November 2012, "Saya yakin Hotasi tidak bersalah. Kenapa, karena dia sudah mengejar uangnya. Ini sudah dibawa ke pengadilan dan dimenangkan oleh Pengadilan Amerika. Mitigasi risiko sudah dilakukan. Itu baru potensi kerugian negara karena uang masih bisa diupayakan. Kalau saya Menteri BUMN-nya, saya suruh kejar walau itu mahal sekali," ujarnya.
Prof. Hikmahanto Juwana, guru besar FH UI menyatakan, "Tidak ada bukti yang mengarah Pak Hotasi melakukan 'kerugian negara' untuk kepentingan dirinya atau kepentingan orang lain atau korporasi. Harus dilihat kerugian negara itu disebabkan oleh apa. Apakah masalah administratif, perdata atau pidana. Kalau administratif kenakan sanksi administratif seperti dimutasi dan lain-lain. Kalau perdata ya harus digugat pihak yang merugikan keuangan negara. Sementara kalau ada unsur pidananya yaitu untuk memperkaya diri sendiri ya dituntut secara pidana.”
Said Didu, mantan Sekretaris BUMN, tegas menyatakan, “Jika Hotasi bersalah dalam kasus ini, maka semua Direksi BUMN dapat dijerat pidana. Merpati ini persoalan sulit sampai Presiden dan Wapres pun turun. Kalau tidak ada pesawat, ya tambah rugi. Hal ini sebagai risiko bisnis. Bodoh sekali kalau Hotasi bermain dalam kasus ini, tidak mungkin Direksi Merpati mau ke AS menuntut uang kembali dan mengundang Kejagung.”
Prof. Eddy OS Hiariej, guru besar FH-UGM, "Kalau KPK menyebut ini sudah memenuhi unsur kehati-hatian dan tidak ada indikasi pidana, ditambah Mabes Polri mengatakan tidak (bukan korupsi), dan ada satu unsur kejaksaan (Jaksa Agung Muda Perdata dan Tata Usaha Negara) menyatakan tidak ada (unsur korupsi), maka tidak perlu lagi kasus ini dilanjutkan."
Erry Riyana Hardjapamekas, mantan Pimpinan KPK menyatakan, “Kasus Hotasi adalah momentum yang baik untuk kita sama-sama melakukan reformasi penegakan hukum.”
Namun pada tanggal 7 Mei 2014, di saat Ulang Tahun Hotasi ke-49, Majelis Hakim Agung yang dipimpin Artidjo Alkostar membatalkan Putusan Pengadilan itu, dan memvonis Hotasi dengan pidana penjara selama 4 tahun dan denda sebesar Rp. 200.000.000,- atau pidana 6 bulan.
Artidjo mengambil seluruh pertimbangan Jaksa Penuntut Umum dan tidak mengindahkan Putusan Pengadilan Tipikor Jakarta. Secara faktual dalam catatan perkara MA, Artidjo selalu membuat keputusan menghukum atas seluruh Kasasi dan PK yang diterimanya. Menjadi pertanyaan besar mengapa Artidjo tidak mau memahami perkara sebenarnya dan hanya ingin menghukum.