Terdapat dua perbedaan metode dalam menafsirkan Alkitab dimana penafsir harus sangat berhati-hati dalam menafsirkan sebuah teks dalam Alkitab. Berikut dua perbedaan metode dalam menafsirkan teks Alkitab :
1. Cara menafsir Deduktif/Metode Deduktif/Eisegese
Dalam hal ini penafsir Alkitab sudah mempunyai kesimpulan tertentu sebelum mempelajari Alkitab. Karena itu, penyelidikan Alkitab dengan cara ini memiliki tujuan untuk mencari ayat-ayat yang mendukung kesimpulan tersebut.
Contoh : Jika seorang pembaca mempunyai doktrin yang diyakini sebagai kebenaran bahwa persembahan perpuluhan itu harus diberikan kepada para pendeta, maka ayat-ayat Alkitab yang dipakai atau dicari tentu tentang perpuluhan yang harus diberikan kepada para imam (Bilangan 18:21-29). Sedangkan penggunaan perpuluhan selain untuk para imam, yaitu untuk para janda, anak-anak miskin serta para pendatang (pelayanan diakonia), sebagaimana yang diatur di dalam Ulangan 26:12-13, tidak akan pernah dipakai/dibacakan kepada umat.
2. Cara menafsir Induktif/Metode Induktif/Eksegese
Dalam hal ini penafsir tidak membawa kesimpulan tertentu untuk menafsirkan Alkitab. Tetapi sebaliknya penafsir terlebih dahulu mencari data dan fakta dalam Alkitab kemudian baru menarik kesimpulan berdasarkan data dan fakta dari Alkitab.
Dalam proses "eksegese" ini, penafsir teks Alkitab berupaya menemukan jawaban atas beberapa pertanyaan, misalnya:
a) Bagaimana inti (cerita) pokok dari bacaan Alkitab tersebut?
b) Dalam konteks bagaimanakah ayat-ayat Alkitab tersebut ditulis? Siapa yang menjadi tujuan penulisan ayat Alkitab tersebut? Bagaimana latar belakang penulisan bacaan Alkitab tersebut?
c) Bagaimanakah makna pokok dari bacaan Alkitab yang ditafsirkan? Bagaimana pula pokok-pokok pesan yang hendak disampaikan oleh penulis bacaan Alkitab tersebut?
d) Dan langkah berikutnya : Bagaimanakah relevansi pokok-pokok makna serta pesan dari bacaan Alkitab tersebut bagi umat Allah pada masa kini? (ini yang dinamakan kegiatan "Hermeneutis").