Indonesia memerintah Timor Timur selama hampir 25 tahun, dan konflik antara militer Indonesia dan organisasi gerilya pro-kemerdekaan sering kali menghancurkan. Diperkirakan 40 persen penduduk meninggal antara tahun 1975 dan 1980 akibat kelaparan akibat perang
Mengapa Timor Leste memisahkan diri dari Indonesia? Karena demi kestabilan negara dan adanya serangan pembantaian Santa Cruz.
1.Pelanggaran HAM
Tindakan represif pada masa Presiden Soeharto menimbulkan pelanggaran HAM yang dipropaganda oleh Fretilin untuk mendukung kemerdekaan Timor Timur.
2.Perebutan batas wilayah
Sengketa antara Indonesia dan Timor Leste terjadi karena perebutan batas wilayah yang hingga sekarang belum ada penyelesaiannya.
Pada 30 Agustus 1999, dilakukan jajak pendapat di bawah pengawasan PBB yang hasilnya rakyat Timor Timur ingin memerdekakan diri dari Indonesia.
3.Pembantaian Santa Cruz
Pada tahun 1991, tentara Indonesia menembak 4.000 pelayat pro-kemerdekaan dalam sebuah pemakaman.
4.Perbedaan budaya dan agama antara Timor Timur dan Indonesia. Mayoritas penduduk Timor Timur beragama Katolik, sedangkan mayoritas penduduk Indonesia beragama Islam.
5. Perbedaan budaya dan agama antara Timor Timur dan Indonesia. Mayoritas penduduk Timor Timur beragama Katolik, sedangkan mayoritas penduduk Indonesia beragama Islam.