Konsep toleransi disebutkan dalam al-quran pada surat al-hujurat ayat 13 : ”Hai manusia, sesungguhnya Kami menciptakan kamu dari seorang laki-laki dan seorang perempuan dan menjadikan kamu berbangsa - bangsa dan bersuku-suku supaya kamu saling kenal-mengenal.Sesungguhnya orang yang paling mulia diantara kamu disisi Allah ialah orang yang paling taqwa diantara kamu. Sesungguhnya Allah Maha Mengetahui lagi Maha Mengenal”. Pada surat al-mukminun ayat 62 : ”Kami tiada membebani seseorang melainkan menurut kesanggupannya, dan pada sisi Kami ada suatu kitab yang membicarakan kebenaran, dan mereka tidak dianiaya”. Pada ayat pertama mengindikasikan dengan implisit bahwa :
Jenis kelamin laki-laki dan perempuan adalah variabel heterogen kodrati sebagai landasan penghargaan perbedaan untuk mewujudkan sikap yang toleran diantara perbedaan jenis. Dalam proses pembelajaran di kelas batasan toleransinya adalah dimungkinkannya adanya dua jenis kelamin yang berbeda.
Kata bangsa-bangsa adalah ragam semitisme yang dihalalkan untuk berdampingan erat dalam suatu proses pencerahan melalui sebuah proses pembelajaran yang egaliter, toleran dan berkeadilan.
Ungkapan suku-suku merupakan bagian dari ragam budaya, bahasa dan sikap yang diekspektasikan sebagai realisasi kemajemukan ciptaan Allah SWT dalam mempelajari kalimat-kalimat kauniyah secara bersama-sama.
Kata kunci ”kenal-mengenal” memberikan efek pemikiran anti perbedaan, penghargaan terhadap aneka jenis, bangsa, budaya, sikap dan kompetensi personal dalam suatu komunitas pembelajaran. Pemaknaan kenal-mengenal bukan saja dalam perspektif fenomena perilaku raga peserta didik belaka, akan tetapi juga menyangkut hal-hal yang berkaitan dengan mental, skill, kemampuan individual dalam proses pembelajaran.
Sejatinya kenal adalah menghargai kekurangmampuan peserta didik dalam proses pembelajaran dan berusaha meningkatkan kompetensinya pada taraf maksimal. Begitu juga sebaliknya yaitu bagi peserta didik yang memiliki kemampuan lebih mengakomodir dan memberikan penghargaan baik secara materiil maupun imateriil, misalnya dengan menjadikan ketua kelompok dan tutor sebaya.
Seiring dengan surat yang kedua bahwa tidak ada pemaksaan atas seragamnya kemampuan individu/peserta didik dalam memikul tanggung jawab dalam proses pembelajaran. Standarisasi adalah absah dan dimungkinkan, penyamarataan kompetensi personal/individu peserta didik secara rigid melanggar batas-batas toleransi. Hal ini akan berakibat pada suatu kondisi peserta didik yang tertekan (under pressure) baik secara mental psikologis maupun sosial.
Belajar dan pembelajaran merupakan suatu proses perubahan-perubahan tingkah laku budi dan daya pikir yang positif. Pada hakekatnya perubahan tingkah laku itu adalah perubahan kepribadian pada diri peserta didik. Tingkah laku itu meliputi segi jasmani dan rohani yang keduanya saling bertalian dengan dan berinteraksi satu sama lain. Pada tingkah laku itu terdapat berbagai aspek yang meliputi pengetahuan, sikap, kebiasaan, ketrampilan, emosi budipekerti, apresisasi, dan hubungan sosial lainnya. Oleh karena itu indikator hasil belajar pada diri peserta didik adalah ada tidaknya perubahan-perubahan itu.
Ada beberapa hal yang prinsipil menyangkut proses belajar mengajar diantaranya adalah :
Motivasi. Motivasi adalah daya yang mendorong seseorang untuk melakukan sesuatu. Guru hendaknya menjadi motivator agar motif-motif yang positif ditumbuhkan dan ditingkatkan dalam diri siswa. Ada dua motivasi, yaitu motivasi dari dalam (internal) dan motivasi dari luar diri siswa (eksternal). Motivasi dari dalam dapat dilakukan dengan mendorong siswa ingin tahu, keinginan mencoba, sikap mandiri ingin maju. Sedangkan motivasi dari luar dilakukan dengan memberikan hadiah atau imbalan, misalnya melalui pujian atau penugasan untuk memperbaiki pekerjaan rumahnya .
Prinsip Keterpaduan. Pada prinsipnya siswa dapat menyerap isi pelajaran yang diajarkan. Secara pribadi siswa dituntut mengolah dan mengorganisasikan berbagai perolehan belajar itu. Guna membantu siswa melakukan hal tersebut, guru hendaknya mengaitkan suatu pokok bahasan dalam suatu mata pelajaran atau antar satu mata pelajaran dengan mata pelajaran lain. Dengan demikian keterpaduan dalam pembahasan dan peninjauan akan membantu siswa memadukan perolehannya.