Tidak beberapa lama kemudian tampaknya akan lahir badan atau lembaga baru yang setingkat kementerian. Lembaga ini akan mencetak sejarah baru sebagai organisasi yang terpisah dan independen dalam menyelenggarakan urusan bidang perkarantinaan di Indonesia.
Semua kegiatan karantina, terutama hewan, ikan, dan tumbuhan yang selama ini dilaksanakan oleh lembaga terpisah dan masih berinduk kepada instansi yang tidak berfokus pada urusan bidang perkarantinaan maka diperkirakan tahun depan akan dikelola semuanya oleh badan atau lembaga tersendiri dan langsung bertanggungjawab kepada presiden RI. Oleh karena itu dalam rangka melengkapi pembentukan badan baru yang akan dibentuk terkait penyelenggaraan bidang perkarantinaan maka seluruh organisasi perkarantinaan yang masih dibawah instansi yang disebutkan di atas akan ditarik untuk kemudian dijadikan satu ke dalam wadah organisasi baru.
Hanya saja disayangkan wadah organisasi ini tidak mencakup seluruh elemen perkarantinaan, karena hanya menyentuh aspek kesehatan hewan, ikan, dan tanaman. Padahal ada organisasi yang sebenarnya sangat berpengaruh di dalam pintu masuk dan keluar dari Indonesia tapi tidak digabungkan ke wadah baru ini, organisasi tersebut adalah Bea Cukai.
Dasar hukum yang akan dijadikan landasan awal pembentukan wadah organisasi ini sudah ada dalam Undang-Undang Karantina yang baru. Tapi itu tidak cukup karena pastinya setiap organisasi membutuhkan perangkat-perangkat praktis berupa peraturan yang operasional untuk diterapkan.
Saat ini peraturan pemerintah yang diharapkan menjadi pelaksana undang-undang perkarantinaan yang baru sudah mencapai tahap harmonisasi. Peraturan pelaksana ini telah digodok sedemikian rupa oleh berbagai instansi Kementerian/Lembaga yang berkepentingan, tentu saja terutama Kementerian Pertanian dan Kementerian Kelautan dan Perikanan sebagai organisasi induk yang akan melepas "anak-anaknya" menjadi organisasi mandiri yang terpisah.
Selama penggodokan peraturan pelaksana ini, ini ada perdebatan yang cukup kuat antara beberapa kementerian/lembaga. Perdebatan itu terkait keharusan permintaan persetujuan yang perlu dilakukan oleh badan baru penyelenggara urusan perkarantinaan ini.
Hal ini menyebabkan perdebatan karena banyak pihak yang mengharapkan jika badan baru ini akan lebih independen dalam mengambil kebijakan tanpa diikat persetujuan dari pihak lain. Namun ada juga pihak yang masih berkepentingan untuk tetap adanya persetujuan karena tanpa adanya mekanisme itu tidak menutup kemungkinan adanya potensi risiko masuknya penyakit hewan, tanaman, dan ikan menjadi lebih besar karena yang mengetahui mengenai risiko penyakit adalah kementerian teknis.
Selain itu terkait juga dengan neraca komoditas. Dimana dalam rangka melindungi dan mensejahterakan petani dan peternak sebaiknya pemerintah juga memainkan keran masuk impor komoditas yang sama dengan yang dihasilkan petani atau peternak lokal, karena jika tidak seperti itu akan berdampak para petani kehilangan kesempatan untuk mendapatkan keuntungan yang lebih maksimal daripada semestinya.