PSSI Memiliki 6 Akademi Nusantara yang tersebar di Pulau-Pulau Besar Indonesia, Diantaranya..
1. Padang mewakili WIlayah ZONA sumatera
2. Bandung mewakili ZONA banten, jabar. jakarta
3. Malang mewakili (jogja, jateng, jatim, bali, NTT, NTB)
4. Balikpapan mewakili Wilayah (kalimantan),
5. Makassar mewakili wilayah (sulawesi), dan
6. Manokwari mewakili Wilayah (papua,papua barat, maluku, maluku utara)
* Masing2 akademi memiliki Akademi Satelit atau Cabang di masing2 Zona Wilayahnya, seperti di malang membawahi akademi satelit di wilayah Jogja, Jateng, Bali dll.
* Masing2 akademi terdapat 30 Pemain U-12, 30 Pemain U-15, 30 Pemain U-17, 30 Pemain U-19
* Setiap 4 Bulan sekali akan diadakan Kompetisi antar 6 akademi tersebut
* di setiap akademi nusantara di enam kota, setiap pemain u17 dan u19 disedaiakan fasilita asrama, sekolah, uang saku, dll