Curah hujan yang tinggi atau curah hujan ekstrim tidak selalu memberikan dampak positif bagi sektor pertanian. Dampak negatifpun akan timbul terhadap pertumbuhan tanaman. Dampak negatif yang ditimbulkan dari curah hujan tinggi atau curah hujan ekstrim bagi sektor pertanian antara lain : (1) Potensi kerusakan tanaman akibat terendam banjir karena curah hujan tinggi.
Tanaman yang terendam banjir akan rusak karena akan mengurangi suplai oksigen dan karbondioksida sehingga mengganggu proses fotosintesis dan respirasi serta berpotensi menyebabkan tanaman menjadi busuk, (2) Lahan pertanian di wilayah pesisir potensial terdampak banjir, (3) Adanya peningkatan kelembaban udara yang berpotensi memunculkan penyakit tanaman yang meningkatkan resiko gagal panen.
Musim penghujan dengan curah hujan ekstrim disebabkan karena kelebihan air, di mana curah hujan tinggi tentunya akan menyebabkan kelembaban udara yang tinggi dan kondisi ini sangat mendukung populasi hama meningkat dan tingkat keparahan penyakit menjadi lebih tinggi. Musim hujan dengan curah hujan ekstrim seringkali menyulitkan petani karena Organisme Pengganggu Tanaman (OPT) berkembang lebih banyak sehingga memperparah kerusakan tanaman.
Badan Meteorologi Klimatologi dan Geofisika (BMKG) memberikan peringatan dini berupa informasi Kabupaten yang memiliki potensi curah hujan tinggi. Informasi tersebut dibagi menjadi 4 kalsifikasi yaitu tidak ada peringatan, waspada, siaga, dan awas. Kabupaten yang memiliki potensi curah hujan tinggi dengan tingkat kalsifikasi "awas" kantara lain; (1) Kabupaten Lumajang dan Malang Provinsi Jawa Timur, (2) Kabupaten Karang Asem Provinsi Bali, (3) Kabupaten Bone, Bulukumba, Sinjai, dan Wajo Provinsi Sulawesi Selatan.
Program skala nasional yang dilakukan oleh Kementerian Pertanian untuk menanggulangi dampak negatif dari curah hujan tinggi atau curah hujan ekstrim ini salah satunya adalah Asuransi Usaha Tani Padi (AUTP) untuk antisipasi kerugian pada lahan terdampak banjir. Asuransi pertanian merupakan bagian dari mitigasi bencana yang akan membantu petani menjaga lahan. Dengan asuransi pertanian, petani akan mendapatkan proteksi terhadap lahan yang gagal panen.
Asuransi akan memberikan cadangan bagi petani dengan klaim asuransi yang dicairkan ketika petani mengalami gagal panen akibat kondisi-kondisi tertentu yang diatur dalam asuransi. Asuransi akan mengeluarkan premi sebesar Rp6 juta per hektare. Melalui APBN pemerintah telah mensubsidi premi yang mesti dibayarkan oleh petani. Cara mendaftar AUTP terbilang cukup mudah. Syarat utamanya, petani harus tergabung dalam kelompok tani. Kelompok tani yang terdaftar dan resmi dinyatakan setelah mendapatkan surat keputusan dari Kementan.
Surat keputusan yang dikeluarkan Kementan sebagai tolok ukur menilai kinerja kelompok tani tersebut. Penilaian ini dilakukan berdasarkan SK Mentan Nomor 41/Kpts/OT.210/1992. AUTP mampu memberikan manfaat perlindungan atas kerugian petani dari kegagalan panen, baik yang disebabkan oleh bencana alam maupun serangan hama, termasuk bencana banjir bandang hingga gempa bumi.
