Studi tentang zakat di Malaysia sangat menarik apabila dikaitkan dengan cara pengelolaannya. Malaysia adalah salah satu negara yang mengatur tentang masalah zakat, meskipun ini ditentukan oleh kekuasaan negeri masing-masing.
Dari sudut administrasi hal-hal berhubungan dengan Islam dan adat istiadat Melayu diserahkan pada satu badan negeri yang kini dikenal sebagai majlis Agama Islam dan adat istiadat (atau Resam) Melayu (MAIAIM) (Ghazali 1988:3).
Semenjak zaman itu, di Malaysia pengelolaan zakat dilaksanakan oleh badan, yang dikenal dengan majlis Agama Islam dan adat istiadat Melayu. Kelantan adalah negeri yang pertama kali mendirikan badan ini yang seterusnya menjadi satu model awal bagi negeri-negeri lain. Dibawah badan ini, pengelolaan dana zakat diletakkan pada iman kampung. Sebahagian dari hasil pengumpulan zakat diserahkan pada kerajaan negeri sebagai salah satu dari sumber pembiayaan negeri yang berhubungan dengan Islam.
Pengelolaan zakat di Malaysia sangat tergantung kepada undang-undang masing-masing negeri. Di Malaysia belum ada undang-undang zakat pada peringkat kebangsaan yang boleh menyatukan sistem pengelolaan zakat. Disamping itu, pengelolaan zakat juga masih berdasarkan kepada kebijakan wilayah persekutuan dan negeri masing-masing.