Islam memandang dan menempatkan pendidikan dalam posisi utama dalam membangun sebuah peradaban. Pendidikan yang tidak hanya memfokuskan pada kehidupan dunia saja, melainkan juga dengan kehidupan akhirat secara seimbang (tawazun). Islam melihat bahwa pendidikan harus terintegrasi dengan baik antara ilmu dan agama maupun antara dunia dan akhirat.
Pendidikan Islam merupakan suatu sistem yang perkembangannya akan selalu menjadi pembicaraan yang menarik di kalangan praktisi pendidikan. Hal ini adalah sebagai wujud perhatian serta keprihatinan umat terhadap kondisi objektif lembaga pendidikan saat ini. Zaman modern ini tidak dapat dipungkiri bahwa masyarakat saat ini mengalami sebuah krisis yang terjadi dalam segala aspek kehidupan, terutama dalam perhatian terhadap agama.
Anak cenderung memiliki daya tahan yang kokoh terhadap perkembagan arus globalisasi dan menguasai ilmu-ilmu duniawi tetapi tidak memiliki semangat pada ilmu keagamaan yang kuat dan rentan dengan pengaruh globalisasi yang jauh dari nilai Islam.
Untuk itu diperlukan sebuah lembaga pendidikan yang mengajarkan keseimbangan antara ilmu pengetahuan dan ilmu agama. Kemudian muncullah gagasan lembaga pendidikan Islam terpadu, yaitu sebuah lembaga pendidikan dengan metode yang sudah di desain dengan segala keterpaduan dari berbagai sisi dan aspek pendidikan yang meliputi kurikulum, visi, misi, pendidik yang kompeten, suasana pembelajaran dan sebagainya.
Islam di Indonesia mengalami sejarah yang dinamis dan sangat panjang, diawali dengan masuknya Islam hingga saat ini. Dalam buku sejarah pendidikan Islam yang ditulis oleh Ramayulis, beliau membagi perkembangan pendidikan Islam dalam tiga fase periodisasi, a) Periode awal masuknya Islam ke Indonesia. b) periode masa kolonial penjajahan Belanda dan Jepang. c) periode pembaharuan pendidikan Islam. Dengan tiga kategori model pendidikan ya itu sekolah madrasah dan pondok pesantren.
Menurut Karel A. Steenbrink, sekolah merupakan salah satu kebijakan politik pendidikan yang digagas oleh Belanda. Sebenarnya pesantren adalah lembaga pendidikan Islam tradisional dan merupakan ciri khas pendidikan Islam awal yang ada di Indonesia, walaupun selama 20 tahun terakhir pesantren telah banyak mengadopsi sistem madrasah yaitu dengan memasukkan mata pelajaran umum dalam sistem pembelajarannya. Madrasah didirikan karena untuk menjadi penghubung kesenjangan antara sekolah dan pesantren yang melahirkan dualisme perbedaan dalam sistem pendidikan nasional.
Pada awalnya pendidikan Islam tidak termasuk dalam struktur kurikulum pendidikan, karena agama dianggap sebagai privasi antar individu. Namun para tokoh pendidikan Islam berupaya untuk menjadikan Pendidikan Agama Islam menjadi pelajaran yang wajib dan berhasil terealisasikan pada tahun 1989 dengan ditetapkannya undang-undang sisdiknas nomor 2 tahun 1989 dan diperkuat dalam undang-undang sistem pendidikan nasional nomor 20 tahun 2003. Kurangnya perhatian terhadap pendidikan agama Islam di sekolah (dikotomik) merupakan salah satu sebab munculnya gagasan sistem sekolah Islam terpadu.
Lembaga pendidikan Islam terpadu pertama kali didirikan oleh para aktivis masjid kampus UI dan ITB, dan kemudian lembaga pendidikan Islam telah tersebar ke seluruh wilayah Indonesia. Pesatnya perkembangan lembaga pendidikan Islam terpadu menjadi bukti bahwa sekolah Islam terpadu telah menjadi tren baru pendidikan Islam di Indonesia. Di kota besar muncul lembaga pendidikan Islam terpadu pada tahun 1990-an dan diminati kaum muslim.
Pada dasarnya, sekolah Islam terpadu adalah sekolah umum yang dimasukkan ajaran Islam didalamnya. Dengan tujuan untuk menjadikan peserta didik mampu menguasai ilmu yang bersumber dari ayat-ayat tanziliyah yang menghasilkan sains ketuhanan, ayat-ayat dari dalam diri manusia yang menghasilkan sains humaniora dan ayat -ayat kauniyah yang menghasilkan sains kealaman.
Lembaga pendidikan Islam terpadu memadukan antara pendidikan modern sehingga peserta didik mampu melihat dan merespon perkembangan zaman yang semakin maju disertai dengan pengetahuan ilmu agama yang kuat sebagai landasan pembentukan moral sehingga peserta didik tidak terjerumus ke dalam hal-hal negatif hasil dari perkembangan zaman yang semakin maju dan tidak terkontrol.
Kata “terpadu” mengacu kepada penguat (taukid) dalam Islam dan penegasan bahwa sekolah ini dijalankan secara islami, profesional dan kredibel. Dalam saat yang bersamaan sekolah terpadu memiliki ciri khas keislaman yang sangat memadai untuk menghadapi arus globalisasi yang hedonis.