I. KELAHIRAN
Di Provinsi Jawa Timur, terdapat sebuah kabupaten yang bernama Jombang yang di kenal dengan kota santri, bahkan ada yang menyatakan bahwa kota Jombang adalah pusat pondok pesantren di tanah jawa karena hampir seluruh pendiri pondok pesantren di jawa pernah berguru di Jombang. Konon, Jombang berasal dari akronim bahasa jawa IJO yang berarti HIJAU dan ABANG yang berarti MERAH yang kemudian di satukan menjadi IJO-ABANG atau JOMBANG. Jombang dulu adalah wilayah kerajaan Majapahit bagian barat, Jombang kemudian terpisah dari Mojokerto di bawah pemerintahan Bupati Raden Adipati Ario Kromojoyo yang di tandai dengan tampilnya pejabat pertama mulai tahun 1910 M. sampai 1930 M., yaitu Raden Adipati Ario Suryo Adininigrat.
Pada tahun ketiga setelah inilah bersamaan peristiwa duka kyai besar Jombang yang kitabnya di gunakan seluruh santri indonesia bahkan para mahasiswa termasuk mahasiswa luar negri, yaitu kyai Muhammad Ma'shum Bin 'Ali penyusun kitab Ilmu Shorof Al-Amtsilatut Tashrifiyyah wafat, yakni tepatnya pada hari Kamis, 9 Maret di tahun yang sama 1933 M. Atau 12 Dzul Qo'dah 1351 H. Lahirlah seorang bayi laki-laki putra pertama dari pasangan suami istri Bapak URIP dan Ibu MUNFA'ATUN. (saat itu nama Urip berubah menjadi Syafi'i karena kebiasaan orang dulu yang merubah namanya setelah pulang haji).
Bayi itu lahir tepatnya di desa Genuk Watu (Indonesia = Gentong Batu), sekitar 12 KM. di Selatan Tebuireng, kecamatan Ngoro, Kabupaten Jombang yang di beri nama Mahfudz. Keluarganya sering memanggil nama kecilnya dengan sebutan, "PUD". (menurut cerita, dahulu bernama Muhammad Mahfudz yang kemudian berubah menjadi Mahfudz, lalu berubah lagi menjadi Mahfudz Syafi'i dengan mengambil nama Ayahnya, yaitu Syafi'i hingga wafat. Saat ini sebagian dari putra putrinya juga ada yang mengambil nama beliau sebagai namanya tetapi dalam bentuk inisialnya, yaitu MS. Atau Mahfudz Syafi'i yang juga berarti bisa berinisial dari Ibu, yaitu Muhshonah; Istri beliau). Beliau adalah putra sulung dari 6 bersaudara (4 Putra dan 2 Putri), yaitu di mulai dari beliau :
1. MAHFUDZ
Beliau adalah seorang putra dari putra pertama dan Pendiri serta Pengasuh Pondok Pesantren AL-ISTIGHOTSAH Gardu Sawah (tempat pertama berdirinya Pondok Pesantren Al-Istighotsah, pada Dzul-Hijjah 1414 H. / Juni 1994 M.) yang kini di kelola oleh putra putrinya yang berada di 3 tempat, yaitu Al-Istighotsah sukatani, Al-Istighotsah Bulak Kapal dan Al-Istighotsah Setu, Kabupaten Bekasi Jawa Barat.
Tentang lambang pada logo Al-Istighotsah, Beliau pernah mengatakan bahwa Bintang adalah gambaran dari Waliyulloh (kekasih Allah), jumlah 9 adalah delegasi ekspedisi keagamaan di Indonesia pada zaman dahulu yang berjumlah 9 orang (Wali Songgo). Ka'bah adalah gambaran dari hati manusia, dikanan dan kiri Ka'bah adalah Al-Qur'an dan Hadits. Dibawah ka'bah, Al-Qur'an dan Hadits adalah perahu kapal yang menggambarkan Thoriqoh, dibawah perahu kapal adalah air yang menggambarkan 'Ilmu. Semua lambang dikelilingi oleh garis tepi yang berbentuk melati.
2. HAFIDZ
Beliau adalah seorang putra dari putra ke dua dan Pengasuh Pondok Pesantren Mamba'ul Hidayah di daerah Tlogo, Kanigoro, Blitar, Jawa Timur yang sekarang di teruskan oleh Istri dan putra putrinya setelah beliau wafat.
3. MASLAHATIN
Beliau adalah seorang putri dari putra ke tiga dan istri dari suaminya kyai Shodiq Pengasuh Pondok Pesantren Mamba'ul Huda Genuk watu, Ngoro, Jombang, Jawa Timur; sedangkan Kyai Shodiq adalah Paman dari Kyai Jamal, Pengasuh Pondok Pesantren Tambak Beras, Jombang, Jawa Timur. Saat ini di teruskan oleh putra putri dan cucu-cucunya setelah wafatnya Ibu Nyai Maslahatin dan Kyai Shodiq.
4. SHOBIHI
Beliau adalah seorang putra dari putra ke empat dan Pengasuh Pondok Pesantren Nurul Huda, Bahoro, Banjarworo, Bangilan, Tuban, Jawa Timur yang sekarang di teruskan oleh Istri dan putra putrinya setelah beliau wafat.5. MASHUN
Beliau adalah seorang putra dari putra ke lima dan telah wafat sebelum beliau beranjak remaja sekitar umur 10 atau 11 tahun.
5. MASHUNAH
Beliau adalah seorang putri dari putra ke enam dan keponakan dari Kyai Zamrozi Pengasuh Pondok Pesantren Roudhotul 'Ulum Kencong, Kepung, kediri, Jawa Timur yang hingga saat biografi ini di tulis beliau masih ada dan tinggal di sana. Ayah beliau wafat tahun 1985 M. ketika beliau berumur sekitar 50 tahun; sedangkan Ibu beliau wafat sekitar tahun 2002-2003 M. ketika beliau berumur sekitar 70 tahun. Ayah beliau adalah seorang petani yang tekun beribadah, hidupnya sangat bersahaja dan mempunyai prinsip, walaupun sebagai petani, namun cita-citanya adalah agar semua putranya menjadi 'ulama. Dengan idzin Alloh semua itu terbukti, putranya bahkan cucunya menjadi 'ulama yang mengasuh beberapa Pon. Pes. di berbagai daerah.
II. NASAB
Dari sumber yang telah tergali, diketahui susunan nasab (Garis keturunan) beliau dari arah ayah adalah KH. Mahfudz Syafi'i bin H. Syafi'i bin Ahmad bin 'Ainul Yaqin. Sedangkan dari arah ibu adalah KH. Mahfudz Syafi'i bin Munfa'atun bin Syairozi bin 'Abdus Syukur bin 'Abdul Mannan At-Turmusi.