Setiap manusia diberikan hak yang sama, hak untuk merdeka dan jiwa yang bebas. Akan tetapi, tidak mudah menjadi manusia bebas. Menjadi manusia bebas adalah keinginan semua orang, tanpa banyak aturan yang mengikat. Kebebasan diciptakan dari pikiran pengetahuan seorang manusia. Bebas agar lebih berani dalam menghadapi apapun. Menjadi manusia bebas yang bertanggung jawab.
Buku ini pada dasarnya kumpulan tulisan berisi surat-surat kepada anaknya yang tidak pernah dikirimkan, esai-esai, dan renungan mengenai kehidupan. Buku ini adalah refleksi dari pengalaman dan penderitaan hidup Pramoedya ketika sebagai tahanan politik. Buku yang menjadi bukti perjuangan Pramoedya menjadi manusia bebas di tengah penindasan yang ia alami. Akan tetapi, buku ini penuh harapan dari seorang Pramoedya.
Menurut Pramoedya, menjadi manusia bebas dalam buku Nyanyi Sunyi Seorang Bisu II tidak hanya mengenai fisik saja, tetapi juga mengenai pikiran dan hati. Dalam buku ini, Pramoedya memberikan wejangan serta ajakan kepada anak-anaknya atau generasi setelah dia untuk menjadi manusia bebas yang berani berpikir kritis, berani bermimpi, dan berani melawan ketidakadilan.
Menjadi manusia bebas yang berpikir secara kritis ini agar tidak gampang terjebak dalam berbagai pengaruh yang merugikan, seperti pengalaman kanak-kanak Pramoedya, yaitu ketakutan mengenai tahayul yang menyebabkan jiwa tidak bebas dan pikiran penuh dengan ancaman. Pengalaman hidup yang menyebabkan jiwa tidak bebas ini Pramoedya berharap agar masa kanak-kanak tak dialami oleh anaknya. Jiwa yang bebas harus tumbuh dan berkembang menjadi jiwa yang besar tanpa harus memikul ketakutan dan kekecilan. Berani bermimpi dan berani melawan ketidakadilan ini agar terhindar dari ketakutan, kebodohan, dan penyakit sebab anak bangsa merdeka berarti anak berbahagia. Kemerdekaan dan kebebasan ini diasuh dan dididik untuk tidak menjadi kerdil dan penakut.
Menjadi manusia bebas berarti secara asasi hasil melawan lahirnya perbudakan dan penindasan. Sebagai manusia harus diakui nilainya, kebajikannya, dan hak-haknya. Hal ini menjadi perjuangan sebagai manusia yang merdeka. Pramoedya menginginkan anak-anaknya atau generasi setelah dia untuk terus berusaha memperjuangkan kebebasan yang sudah ada.
Perjuangan menjadi manusia bebas ini disampaikan secara tegas oleh Pramoedya, apalagi mempunyai anak wanita yang banyak. Menjadi manusia bebas ini terlihat dalam subbab "Karangan Bunga Pada Kakinya". Menjadi manusia bebas dikala banyak tuntutan wanita tidak boleh bekerja ini dicontohkan oleh ibunya yang bisa membuat atau mengerjakan segala sesuatu dengan caranya sendiri. Wanita harus mendapatkan kebebasan sebagai manusia.
Pramoedya menginginkan kebebasan ini diperjuangkan bahkan dalam kondisi kekerasan dan represi sekali pun, sebab setiap manusia dapat menjadi manusia yang bebas dan mandiri dalam menjalani kehidupannya. Menjadi manusia bebas yang tidak egois dan merugikan orang lain. Menjadi manusia bebas yang bermanfaat untuk diri sendiri dan sekitar.
Menjadi manusia bebas yang dituangkan dalam buku Nyanyi Sunyi Seorang Bisu II melalui pemikiran Pramoedya ini sangat kompleks. Pembaca seperti dipaksa untuk tetap pada pendirian yang teguh dan tidak gampang tergoda oleh sesuatu yang menguntungkan diri sendiri sebagai bentuk menjadi manusia bebas, bahkan di awal kemerdekaan yang terjadi di Indonesia tidak memberikan semua orang untuk menjadi manusia yang bebas. Pramoedya tidak menuliskan secara langsung di dalam buku Nyanyi Sunyi Seorang Bisu II mengenai kondisi yang tertekan di tahanan untuk menjadi manusia yang bebas, tetapi ia tuangkan melalui pengalaman hidup yang sebenarnya untuk disampaikan kepada anak-anaknya.
Pramoedya memberikan pengaruh agar tidak mudah menyerah dan putus asa untuk menjadi manusia bebas. Segala bentuk penindasan harus selalu dilawan. Tidak takut adalah langkah untuk menjadi manusia bebas. Pengalaman yang dialami ketika jiwanya kuncup tidak ingin terjadi terhadap anak-anaknya.
Pramoedya berpikir pentingnya menjadi manusia bebas sedari kecil agar bisa tumbuh merdeka dan bahagia. Menjadi manusia bebas dengan dilengkapi ilmu dan pengetahuan. Menjadi manusia bebas tidak lagi memerlukan ketakutan tanpa guna. Pramoedya berharap agar anak-anaknya tidak terbelenggu oleh pikiran yang membuat tidak menjadi manusia bebas.
Untuk menjadi manusia bebas tidak mudah. Menjadi manusia bebas perlu keberanian. Menjadi manusia bebas harus bertanggung jawab. Menjadi manusia bebas tidak takut atas segala tekanan.