Otonomi daerah merupakan konsep pemerintahan yang memberi kebebasan kepada daerah untuk memiliki hak, wewenang, dan kewajiban untuk mengatur dan mengurus sendiri kepentingannya baik kepentingan masyarakat maupun pemerintahan. Otonomi daerah di indonesia didasari oleh tiga tujuan utama yaitu politik, administratif dan ekonomi. Dari ketiga tujuan tersebut dapat di detail kan perwujudan yang diinginkan yang pertama yaitu tujuan politik diharapkan dalam pelaksanaan otonomi daerah Indonesia mempunyai demokratisasi politik melalui partai politik dan Dewan Perwakilan Rakyat Daerah. Kedua, tujuan administratif yang diharapkan yaitu adanya pembagian urusan pemerintahan antara pusat dan daerah, termasuk sumber keuangan serta pembaharuan manajemen birokrasi pemerintahan di daerah. Ketiga, tujuan ekonomi dalam pelaksanaannya tujuan yang ingin dicapai yaitu terwujudnya peningkatan indeks pembangunan manusia sebagai indikator peningkatan kesejahteraan masyarakat indonesia.
Dalam konsep otonomi daerah, pemerintah dan masyarakat memiliki peranan yang penting dalam peningkatan kualitas pembangunan di daerahnya masing-masing. Hal ini disebabkan karena dalam otonomi daerah terjadi peralihan kewenangan yang pada awalnya diselenggarakan oleh pemerintah pusat menjadi urusan pemerintah daerah masing-masing. Dari konsep otonomi daerah tersebut memungkinkan pemerintah suatu daerah untuk mengatur kebijakan yang disesuaikan terhadap kondisi daerahnya masing-masing.
Dengan diberlakukannya otonomi daerah sesuai dengan tuntutan Undang-undang Nomor 22 Tahun 1999 tentang pemerintahan daerah, Kabupaten Jember sejak tanggal 1 Januari 2001 melakukan penataan ulang kelembagaan dan struktur organisasinya, menghapus Kota Administratif Jember, serta merubah kantor Pembantu Bupati menjadi kantor Koordinasi Camat. Namun setelah mengevaluasi selama setahun terhadap implementasi otonomi daerah, Kabupaten Jember melalui Perda nomor 12 Tahun 2001 menghapus lembaga Kantor Koordinasi Camat. Sehingga dalam menjalankan pemerintahan di era otonomi daerah ini Pemerintah Kabupaten Jember telah berhasil menata struktur organisasi dan kelembagaan hingga tingkat pemerintahan desa dan kelurahan. Terhitung mulai tanggal 1 Januari 2001 Kabupaten Jember memasuki sistem pemerintahan baru dari sistem sentralisasi ke sistem desentralisasi atau otonomi daerah, dengan melaksanakan kewenangan wajib otonomi memberikan Kabupaten Jember keleluasaan dalam mengatur dan mengurus daerahnya sendiri sesuai dengan kebutuhan dan keinginan rakyatnya sesuai peraturan perundangan yang berlaku, dengan tujuan utama yaitu meningkatkan kesejahteraan masyarakat.
Implementasi otonomi daerah di Kabupaten Jember telah diterapkan ke berbagai sektor seperti pendidikan, kesehatan, infrastruktur, dan sistem pemerintahan. Pemerintah Kabupaten Jember juga telah berupaya untuk meningkatkan partisipasi masyarakat dalam pembangunan lokal dan pemerintahan daerah. Dengan adanya berbagai hambatan seperti keterbatasan sumber daya manusia, kurangnya koordinasi antar lembaga, dan adanya perubahan kebijakan yang membingungkan. Kabupaten jember tetap mendapatkan dampak positif dari di tetapkan nya kebijakan otonomi daerah dilihat dari perkembangan sosial, ekonomi, dan politik serta masyarakat yang semakin aktif dalam proses pembangunan daerahnya.
Dari proses mengelola kebijakan dan melakukan pembangunan tersebut perlu diketahui bahwa pembiayaan menjadi hal penting dalam implementasi otonomi daerah. Kabupaten Jember memiliki tanggung jawab yang lebih besar dalam meningkatkan pendapatan dan mengelola keuangan daerah dari diberlakukannya otonomi daerah. Pengelolaan keuangan yang baik akan mendukung efektivitas implementasi otonomi daerah dalam pembangunan yang dapat membantu pertumbuhan ekonomi dan kesejahteraan masyarakat secara keseluruhan.
