pada tahun 1998 dimulai era reformasi.reformasi ini menuntut untuk terwujudnya pemerintahan yang bersih,demokrasi,serta bebas dari kolusi dan nepotisme.sistem pemerintahan yg di pakai tetap tetap sistem pemerintahan presidensial .untuk mengembangkan sistem pemerintahan yang bersih dan demokratis,
pokok pokok dalam sistem pemerintahan Indonesia adalah:
1)presiden adalah kepala negara
2)presiden adalah kepala pemerintahan
3)presiden mengangkat para menteri sebagai kabinet yang selanjutnya bertanggung jawab kepada presiden
4)presiden di pilih secara langsung oleh rakyat dan tidak bertanggung jawab kepada DPR
5)meskipun presiden tidak bertanggung jawab kepada DPR,tetapi DPR mengawasi jalannya pemerintahan.