Benteng Vrederburg dibangun pada 1760 dengan nama Benteng Rustenburg yang artinya benteng peristirahatan. Barangkali kegunaannya saat untuk tempat istirahat gubernur jendral kolonial Belanda.
Pada 1867 benteng ini mengalami kerusakan hebat karena gempa bumi. Tidak ada keterangan gempa bumi tektonik atau vulkanik akibat meletusnya Gunung Merapi.
Setelah dibangun kembali benteng ini diubah namanya menjadi Benteng Vrederburg yang artinya benteng perdamaian. Menurut penjelasan diberi nama ini merajuk usaha perdamaian antara Yogyakarta (Mataram) dan penjajah Belanda.