Sebagai bagian dari institusi pendidikan rakyat, pesantren memiliki peranan fungsional dalam mendorong upaya mencerdaskan bangsa. Pesantren juga telah terbukti mampu melewati beragam perubahan zaman dan tetap eksis sebagai institusi pendidikan berbasis agama yang moderat.
Namun ketika isu terorisme mulai muncul di Indonesia, nama baik pesantren menjadi tercemar karena ada beberapa oknum tidak bertanggung jawab menggunakan institusi pendidikan tersebut sebagai tempat untuk menyebarkan propaganda buruknya. Oknum dibalik tindakan terlarang biasanya merupakan alumni pesantren yang telah terdoktrin paham radikalisme, di mana mereka telah dicuci otaknya sehingga gelap melakukan aksi teror.
Meskipun begitu, secara umum pesantren tidak menghendaki tindakan yang mengarah pada gerakan radikal, apalagi sampai membawa nama agama. Pesantren adalah institusi pendidikan berbasis Islam yang bercirikan budaya Indonesia, di mana menghargai penuh kondisi multikultur. Itulah mengapa karakter umum yang ditemui mengenai pesantren adalah lembaga pendidikan yang moderat dan toleran.
Dunia pesantren identik dengan nilai-nilai kesederhanaan, kejujuran, toleran (tasamuh), dan moderat (tawasuth). Nilai-nilai tersebut menempatkan pesantren sebagai umat yang moderat, di mana nilai dan pemikiran tersebut akan sangat membantu dalam proses deradikalisasi agama dalam rangka penanggulangan terorisme.
Deradikalisasi melalui terorisme bukan hanya dilakukan melalui kajian dan diskusi ilmiah agama saja, melainkan juga melalui upaya dorongan untuk peningkatan partisipasi aktif warga pesantren di banyak hal positif. Partispasi aktif tersebut harus diarahkan pada perwujudan kesejahteraandi bidang sosial dan ekonomi. Ketika warga pesantren memiliki partisipasi aktif tersebut, maka ancaman radikalisme pun akan kian menjauh.
Untuk mewujudkan hal tersebut, pesantren harus melakukan penguatan di setiap lini institusi yang dikelolanya agar celah-celah masuknya terorisme kian sempit. Perlu juga ada dukungan dari pemerintah dalam pemberdayaan pesantren dengan menanamkan pesan-pesan cinta damai dan cinta tanah air. Hal ini bertujuan untuk meningkatkan wawasan kebangsaan warga pesantren agar kian kokoh nilai persatuannya sehingga membuat ketahanan nasional meningkat.