Otonomi khusus masih memiliki pasang surut permasalahan yang terjadi. Indonesia secara sah memberikan otonomi khusus kepada beberapa daerah yang ada di Indonesia. Pemberian itu tidak semata-mata diberikan kepada semua daerah, melainkan hanya daerah-daerah tertentu saja yang diberikan. Pemberian otonomi khusus ini didasari karena adanya perbedaan sejarah, budaya, agama, dan kondisi geografis yang berbeda.
Penerapan otonomi daerah ataupun otonomi khusus didasarkan atas dasar asas desentralisasi yang diberikan pemerintah pusat kepada pemerintah daerah. Asas desentralisasi adalah pelimpahan kekuasaan dan kewenangan yang diberikan pemerintah pusat kepada pemerintah daerah yang kewenanangannya bersifat otonom diberikan tanpa adanya intervensi dari pemerintah pusat. Adanya desentralisasi dimaksudkan agar pemerintah daerah dapat membangun daerahnya sendiri. Pemberian hak ini disebut pula sebagai otonomi daerah.
Otonomi daerah merupakan suatu pelimpahan kewenangan yang diberikan pemerintah pusat kepada pemerintah daerah. Tidak jauh beda dengan otonomi daerah, otonomi khusus merupakan wewenang yang diberikan pemerintah pusat kepada pemerintah daerah secara khusus karena daerah tersebut memiliki latar belakang yang berbeda dengan daerah yang lain. Salah satu daerah yang mendapatkan otonomi khusus itu adalah papua.
Papua dinilai berhak mendapatkan hal tersebut karena daerah tersebut memiliki konflik multidimensional yang berkepanjangan sejak tahun 1962. Pemberian otonomi khusus diberikan secara langsung kepada masyarakat papua yang diharapkan hal ini mampu untuk mendorong pemberdayaan dan potensi yang dimiliki masyarakat papua.
Pemberian otonomi khusus papua didasarkan pada UU No. 21 Tahun 2001 jo UU No. 35 Tahun 2008 yang merupakan hasil kompromi politik antara masyarakat papua dengan pemerintah pusat unuk menyelesaikan konflik yang terjadi di papua. Meskipun papua secara resmi mendapatkan otonomi khusus tersebut, namun polemik yang dihadapi daerah ini masih belum terselesaikan. Bila kita tinjau lebih dekat, kondisi di daerah papua masih cukup memprihatinkan, realitas kesejahteraan di daerah ini masih jauh dari kata baik.
Fenomena ini masih menjadi isu yang sulit untuk dipecahkan, baik pemerintah pusat maupun pemerintah daerah telah berjuang untuk mengatasi hal tersebut, namun, belum ada kebijakan pamungkas yang dapat menghalau permasalahan tersebut. Negara dituntut untuk serius dalam menangani persoalan yang ada di papua, pemerintah harus tanggap dalam membuat kebijakan dan diperlukan pengawasan yang baik untuk mengimplemetasikan kebijakan tersebut.
