Hingga hari ini jumlah pulau di Indonesia masih menjadi "misteri". Data yang disajikan oleh beberapa kementerian dan lembaga selalu berbeda satu sama lain. Hal tersebut membuat masyarakat bingung sebenarnya berapa jumlah pulau yang dimiliki oleh Indonesia. Berikut adalah beberapa lembaga yang pernah memberikan keterangan terhadap jumlah pulau di Indonesia.
1. Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia/LIPI pada tahun 1972, mempublikasikan bahwa hanya 6.127 pulau yang telah mempunyai nama. Publikasi ini tanpa menyebutkan jumlah pulau secara keseluruhan
2. Pusat Survei dan Pemetaan ABRI/Pussurta pada tahun 1987 menyatakan, jumlah pulau di Indonesia adalah 17.504 dan dari jumlah itu hanya 5.707 pulau yang telah memiliki nama
3. Badan Koordinasi Survei dan Pemetaan Nasional/Bakosurtanal pada tahun 1992 menerbitkan "Gezetteer nama-nama Pulau dan Kepulauan Indonesia". Bakorsurtanal mencatat hanya 6.489 pulau yang telah memiliki nama
4. Lembaga Penerbangan dan Antariksa Nasional/Lapan pada tahun 2002 berdasarkan citra satelit mengklaim jumlah pulau di Indonesia adalah 18.306 buah
5. Kementrian Riset dan Teknologi, pada tahun 2003, berdasarkan citra satelit menyebutkan Indonesia memiliki 18.110 pulau.
6. Departemen Dalam Negeri Republik Indonesia pada tahun 2004,merilis bahwa jumlah pulau di Indonesia adalah 17.504 pulau, dan dari jumlah tersebut dipastikan sebanyak 7.870 pulau sudah memiliki nama, sedangkan sisanya sebanyak 9.634 pulau belum diberi nama.
Perbedaan jumlah pulau tersebut menimbulkan berbagai opini di masyarakat. Apalagi masyarakat tidak memiliki akses tentang metode yang digunakan untuk menghitung jumlah pulau tersebut. Berbagai pertanyaan pun muncul bagaimana bisa terdapat data yang berbeda beda tentang jumlah pulau yang dimiliki oleh Indonesia ? apakah memang jumlah pulau bisa bertambah dan berkurang seiring waktu atau masing masing kementerian dan lembaga memiliki metode yang berbeda sehingga bisa menghasilkan jumlah pulau yang berbeda beda dan seterusnya.
Pada tahun 2006 dibentukanlah Tim Nasional Pembakuan Nama Rupa Bumi berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 112 Tahun 2006. Tim tersebut terdiri dari Menteri Dalam Negeri sebagai ketua, anggotanya terdiri dari Menteri Pertahanan, Menteri Luar Negeri, Menteri Kelautan dan Perikanan dan Menteri Pendidikan Nasional. Sekretaris I dijabat oleh Kepala Badan Koordinasi Survey dan Pemetaan Nasional dan Sekretaris II dijabat oleh Direktur Jenderal Pemerintahan Umum Kemendagri.
Pada tahun 2011 Badan Koordinasi Survey dan Pemetaan Nasional berganti nama menjadi Badan Informasi Geospasial (BIG)
Sekretaris I TimNas Pembakuan Nama Rupabumi (Kepala Bakosurtanal/BIG) membentuk Pokja Pembakuan Nama Pulau-Pulau di Indonesia dengan anggota dari Ditjen PUM Kemendagri, BIG, Dishidros TNI-AL dan Ditjen KP3 Kemen KP; pokja. Tim tersebut melakukan Survei dengan tujuan untuk mendapatkan data berupa koordinat posisi pulau, nama pulau yang dikenal didaerah tersebut, sejarah nama pulau (bila ada), berpenghuni atau tidak, wilayah administrasi dan data lainnya sebagai informasi dasar tentang pulau.