Ketika Jepang mulai menduduki negara itu, salah satu hal pertama yang dilakukannya adalah membentuk sistem pemerintahan. Kutipan dari Masa Pendudukan Jepang di Indonesia (2019) adalah dua dokumen yang mendokumentasikan administrasi pemerintahan militer Jepang di Indonesia dari tahun 1942-1945. Dokumen pertama adalah Nampo Senryochi Gyosei Jisshi Yoryo atau Prinsip Administrasi Wilayah Pendudukan Selatan.
Dokumen tersebut berisi empat rencana utama pemerintah Jepang setelah negara-negara tersebut dikuasai oleh militer Asia Tenggara/Asia Selatan:
1. Tujuan pemerintahan militer adalah memulihkan ketertiban umum, mempercepat pengelolaan sumber daya yang penting bagi pertahanan nasional, dan memastikan kemandirian keuangan militer.
2. Keadaan wilayah pendudukan saat ini dan peraturan mereka di masa depan akan ditentukan secara terpisah.
3. Penyelenggaraan administrasi militer memanfaatkan sebaik-baiknya organisasi negara yang ada, dengan memperhatikan struktur organisasi tradisional dan adat istiadat setempat.
4. Penduduk setempat diatur sedemikian rupa sehingga mereka mempercayai angkatan bersenjata Jepang. Dengan cara ini, pergerakan kemerdekaan garnisun lokal dapat dicegah.
Dokumen lainnya adalah Nampo Senryochi Gyosei Jisshi ni Kansuru riku-kaigun Chuuoo Kyotei, atau Perjanjian Dasar antara Angkatan Darat dan Angkatan Laut tentang Administrasi Militer di Wilayah Pendudukan. Dokumen tersebut menyatakan bahwa wilayah Indonesia akan menjadi kewenangan Angkatan Darat dan Angkatan Laut Jepang. Pulau Sumatra, Jawa, dan Bali dikuasai oleh militer. Ketika Kalimantan, Sulawesi, Nusa Tenggara, Maluku, dan Papua berada di bawah Angkatan Laut.
Merujuk pada dua dokumen, setelah penyerahan kekuasaan Hindia Belanda ke Jepang melalui Perjanjian Kalijati pada 8 Maret 1942, tiga pemerintahan militer Jepang berdiri di Indonesia. Berikut distribusinya:
1. Pulau Sumatera dikuasai oleh Angkatan Darat ke-25 Tentara Jepang (Tomi Shudan). Markas di Bukittinggi.
2. Pulau Jawa dan Bali dikuasai oleh tentara ke-16 tentara Jepang (Asamu Shudan). Markas besar di Batavia.
3. Pulau Kalimantan, Sulawesi, Nusa Tenggara, Maluku dan Papua dikuasai angkatan laut. Itu diperintahkan oleh Armada ketiga Angkatan Laut Jepang. Berkantor pusat di Makassar.
Tentara ke-16 mendominasi tiga divisi. Karena Jawa telah menjadi pusat pemerintahan dan politik sejak zaman Hindia Belanda.