Nilai sebagai suatu konsep yang dianggap penting dalam kehidupan. Dalam pesantren nilai yang dikembangkan dirujuk kan kepada sumber islam yakni al-qur'an, hadist dan ijma'. Pemahaman terhadap sumber-sumber ajaran islam melahirkan disiplin ilmu yaitu fiqih, tauhid dan tasawuf. Ahlussunnah Waljamaah sebagai suatu /sistem nilai yang dianut oleh sistem pesantren banyak mempengaruhi pola pikir dan perilaku yang diterapkan dalam pesantren.
Nilai-nilai pesantren :
1. Akhlakul karimah
2. Ibadah amaliyah
3. Wajib membaca al-quran setelah shalat
4. Hafalan surat-surat pilihan dlm al-qur'an
5. Dedikasi dan loyalitas (kewajiban disiplin dalam segala kegiatan)
6. Amanah dan tanggung jawab
7. Toleransi dan tenggang rasa.
Proses internalisasi nilai-nilai pesantren
Proses internalisasi merupakan proses yang berlangsung sepanjang hayat. Selama proses setiap individu akan selalu belajar untuk mengola perasaan emosi dalam membentuk karakter pada dirinya. Proses internalisasi pada dasarnya tidak hanya berasal dari keluarga melainkan dari faktor sosial. Dalam pesantren, nilai-nilai ke pesantren dapat berpengaruh dalam kehidupan untuk membentuk karakter.