Jihad di medan perang adalah darah daging umat Islam Melayu Patani sejak bumi mereka dijajah oleh Kerajaan Siam 1785 M. Pada dekade pertama abad ke-20M, British mula berusaha mendirikan negara haram Israel dan menguasai negeri-negeri Melayu di utara.
Pikiran utama bagi gerakan kemerdekaan di tanah Melayu dan Nusantara ini dipelopori oleh para ulama Fathani atau Patani. Sejak Syeikh Daud al-Fathani, yang berdiri gerakan Jam'iyyah Islamiyah pada tahun 1835 M. bersama sahabat seperjuangan dengan Syeikh Abdul Samad al-Falimbani, Syeikh Arsyad al-Banjari, Syeikh Abdul Wahab Bugis serta para ulama Jawi lain berusaha melawan penjajah pelbagai penjuru iaitu British-Belanda-Siam yang berpakat untuk memecah belahkan sempadan Nusantara melalui pelbagai perjanjian sulit.(Ibnu Jawi,2020)
Dengan demikian, jaringan ulama Islam dari seluruh dunia, termasuk yang berasal dari Nusantara, duduk di Mekah di bawah naungan Khalifah di Turki dan bertukar informasi tentang gerakan kolonial. Cendekiawan Melayu ini selalu menyalurkan informasi kepada para Sultan di Nusantara. Bahkan, mereka sendiri kembali ke nusantara untuk berjihad melawan penjajah.
Untuk mencegah bocornya informasi ini, Sesmasa Syekh Wan Ahmad al-Fathani membuat kode rahasia yang hanya bisa dipahami oleh 36 orang tertentu. Cendekiawan di India juga terkenal dengan taktik kode rahasia ini seperti dalam kisah "Silk Letter Movement" Syeikh Wan Ahmad al-Fathani diangkat oleh para ulama Mekkah (pusat ulama dunia saat itu) untuk menjadi wakil khalifah Utsmaniyah Turkey sebagai penengah dalam perdebatan dua tokoh besar tersebut.
Hingga organisasi Jam'iyah al-Fathaniyah didirikan di Mekah pada 1873 H. sebagai platform politik paling awal bagi ulama Melayu untuk bergerak secara terorganisir. Syeikh Wan Ahmad memiliki banyak santri atau murid yang melanjutkan perjuangan kemerdekaan di negaranya masing-masing.
Di antara ahli warisnya yang paling sukses dalam perjuangan kemerdekaan adalah Kiyai Hasyim Asyaari di Indonesia dan Syeikh Abdullah Fahim di Malaysia. Kedua tokoh ini merupakan tulang punggung kemerdekaan negara masing-masing.(H.Wan Muhammad Shaghir:2005)
Seorang murid Syeikh Wan Ahmad, Haji Hassan Munas didorong khusus untuk menyekat kemasukan British ke Tanah Melayu. Tokoh yang lebih dikenali sebagai Tok Janggut ini telah bangkit ke atas penjajah di Kelantan pada 1915M.
Sebelum itu, Tokku Paloh yang rapat dengan Sheikh Wan Ahmad turut berperanan terhadap kebangkitan "Mat Kilau" sekarang telah dijadikan sebuah film sejarah yang viral di Malaysia sekarang (2022). Mat Kilau bergerak dan melawan penjajah di Pahang pada 1895M. dan Tuan Guru Haji Abdul Rahman Limbong di Terengganu pada 1924-1928M.
Pada asasnya, kajian-kajian kebangkitan nasionalisme orang Melayu pada abad ke-20M akan menemui akar kebangkitan itu adalah bermula daripada gerakan Syeikh Wan Ahmad Al-Fathani di Mekah.
Peranan besar Sheikh Wan Ahmad ini telah melahirkan sejumlah besar ulama-ulama di Tanah Melayu dan Kepulauan Nusantara yang kemudiannya menjadi perjuang-pejuang ataupun melahirkan para pejuang pada generasi berikutnya.