Pada awal tahun 1972, Panitia Pembangunan Ciedung Madrasah Kamp didirikan oleh Rektor IAIN (sejak tahun 2002 berubah menjadi UIN) Syarif Hidayatullah Jakarta, Prof H. M. Toha Yahya Omar (Alm). Pada bulan Juni 1972, seiring dengan Lustrum III UIN Syarif Hidayatullah, dimulai pembangunan gedung madrasah. Ini ditandai dengan peletakan batu pertama oleh Menteri Agama RI saat itu, Prof. H. A Mui Al, dan oleh Rektor UIN Syarif Hidayatullah.
Pada tanggal 17 November 1973, gedung madrasah diserahterimakan dari Pimpinan Bagian Proyek Pembinaan Bantuan untuk Madrasah Swasta Pemda DKI Jakarta kepada UIN Syarif Hidayatullah. Madrasah ini, yang diberi nama Madrasah Pembangunan UIN Syarit Hidayatullah (MP UIN) Jakarta, pertama kali membuka tingkat Ibtidaiyah dengan 58 murid.
Pada awal tahun 1977, MP UIN Jakarta membuka tingkat Tsanawiyah. Siswa angkatan pertama berjumlah 19 orang. Bulan Juli 1991, dibuka kelas jauh tingkat Ibtidaiyah di Pamulang. Sejak awal September 1974, pembinaan MP UIN Jakarta dilaksanakan oleh Tim Pembinaan yang dipimpin oleh Dekan Fakultas Tarbiyah. Tim ini bertugas menyiapkan MP UIN Jakarta sebagai Madrasah Laboratorium Fakultas Tarbiyah UIN Syarif Hidayatullah.
Pada tahun 1978, berdasarkan Keputusan Dirjen Bimas Islam Depag RI, Nomor Kep/D/03/1978, MP UIN Jakarta diakui sebagai Madrasah Pilot Proyek Percontohan. Ini melibatkan kegiatan penataran penulisan modul dan uji coba pembelajaran dengan sistem modul. Hingga tahun 1985, empat modul bidang studi telah diujicobakan, yaitu Al Qur'an Hadits, Bahasa Arab, Bahasa Indonesia, dan Matematika.
Pada tahun 1988, sesuai dengan Keputusan Rektor UIN Syarif Hidayatullah No. 06 Tahun 1988, wewenang pembinaan dan pengelolaan MP UIN Jakarta diserahkan kepada Yayasan Syarif Hidayatullah. Pengembangan Madrasah Laboratorium terus dilakukan bersama Fakultas Tarbiyah UPN Syarit Hidayatullah.
Pada Tahun 2015, MP UIN membuka cabang Tingkat Taman Kanak-kanak di wilayah Pamulang. Kini, pada usianya yang ke-45 tahun, MP UIN Jakarta memiliki 1347 siswa di tahun pelajaran 2019-2020, dengan berbagai prestasi baik dalam bidang akademik maupun non-akademik. Kepercayaan masyarakat untuk menyekolahkan putra-putrinya di MP UIN Jakarta menunjukkan mutu yang dapat diandalkan.
Berdirinya Madrasah Pembangunan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta melibatkan kontribusi beberapa tokoh, antara lain, Drs. H. Kafrawi Ridwan, M.A., Prof Dr. H.A. Rahman Partosentono, Drs. H. Husen Segaf, M.A., Drs. H. Bakran Yakob, Dr. H. Agustiar, M.A., Drs. H.A. Muzakir, dan Drs. H.M. Ali Hasan.
MI Pembangunan UIN Jakarta memiliki ciri khas sebagai madrasah yang menerapkan pembelajaran berbasis digital sejak tahun 2023/2024. Sebelumnya, madrasah ini telah mengedepankan pendekatan multiple intelligences, memfasilitasi perkembangan seluruh kecerdasan peserta didik sesuai potensi masing-masing. Teori multiple intelligences oleh Howard Gardner menjadi dasar, di mana intelligensi diartikan sebagai kemampuan memecahkan persoalan dalam berbagai konteks dan situasi nyata.
MI Pembangunan UIN Jakarta menerapkan dua kurikulum, yaitu kurikulum Kementerian Agama dan kurikulum Kemendikbud. Pada tahun pelajaran 2023/2024, kelas 1 dan 4 menggunakan kurikulum merdeka, sedangkan kelas 2, 3, 5, dan 6 menggunakan kurikulum 2013. MI Pembangunan juga memiliki kurikulum keagamaan yang menggabungkan pembelajaran agama dengan inovasi, seperti kegiatan ibadah harian dan pembiasaan membaca Al-Quran.
Manajemen pendidikan MI Pembangunan terintegrasi dengan Direktorat Pendidikan UIN Jakarta dan memiliki struktur organisasi yang terkoordinasi. Perekrutan guru dikecualikan oleh kualifikasi pendidikan S1 dan kesesuaian jurusan dengan bidang keilmuannya. Guru diwajibkan memiliki kemampuan membaca Al-Quran, berbahasa Inggris (kecuali guru bahasa Arab), dan mengikuti berbagai pelatihan untuk meningkatkan kompetensinya.
Peningkatan kompetensi guru ditekankan melalui pelatihan, platform kolaborasi antar guru, pendekatan beasiswa untuk pendidikan lanjutan, serta dukungan keuangan. MI Pembangunan mengimplementasikan proses PPDB dengan pendekatan diagnosis melalui DAMI. Biaya pendidikan mencakup SPP dan berbagai kegiatan, dengan nilai berkisar antara Rp 1.000.000 per bulan. Evaluasi program dilakukan melalui EDM dan akreditasi, dengan peningkatan yang mencerminkan perbaikan fasilitas dan pengenalan pembelajaran berbasis digital.