Program Jejak santri di Pondok Pesantren Baitul Amanah sering kali di adakan, tepatnya pada penyambutan bulan suci Ramadhan. Rangakaian acara tersebut berupa penjelajahan dan lomba keagamaan.
Kegiatan tersebut biasanya di laksanakan pada pukul 8 pagi hingga waktu dzuhur tiba. Acara tersebut di awali dengan upacara pembukaan yang di isi sambutan dari bimbingan pondok. Lalu di lanjut dengan acara inti yaitu penjelajahan, para santri di bagi menjadi beberapa regu.
Dalam penjelajahan tersebut ada beberapa pos yang harus mereka lewati. Contohnya, pos pertama yaitu pos praktek wudhu, pos kedua hapalan surat-surat pendek, dan masih banyak lagi. Ada juga beberapa rintangan yang harus di lewati, di antaranya para santri harus merangkak di jalan yang penuh lumpur, memanjat tebing dan sebagainya.
Setelah acara penjelajahan selesai santri dan santri wati pun di beri waktu untuk membersihkan diri dan melaksanakan sholat dzuhur berjamaah serta beristirahat sejenak. Setelah para santri selesai istirahat, kegiatan selanjutnya di lanjut dengan lomba ceramah dan CCQ hingga selesai.
Acara pun di lanjut lagi setelah sholat isya, para santri di minta untuk berkumpul di aula untuk menyaksikan api unggun. Lalu di lanjut dengan makan malam bersama.
Setelah itu, para santri dan santri wati pun di minta untuk kembali ke asrama masing-masing untuk beristirahat.
Lalu, para santri bangun pada jam 04.30 untuk melaksanakan sholat subuh berjamaah dan mengaji bersama. Setelah para santri selesai mengaji, para santri di minta untuk berkumpul di aula karena akan sarapan bersama.
Setelah sarapan kegiatan selanjut nya yaitu pengumuman juara dan pemberian hadiah kepada regu yang mendapatkan juara, lalu di lanjut dengan penutupan kegiatan jejak santri.