Secara umum banjir terjadi karena volume air yang meningkat akibat dari luapan air sungai atau hujan lebat. Selain itu penyebab terjadinya banjir tidak terlepas juga dari perilaku-perilaku buruk manusia yang tidak disiplin menjaga lingkungan di sekitarnya. Banjir selalu terjadi di Kabupaten Sukoharjo setiap memasuki musim penghujan terutama di daerah hilir DAS sungai terpanjang di Jawa ini.
Kabupaten Sukoharjo secara geomorfologi tumbuh di dataran banjir yang tersusun oleh bentuk lahan fluvial, seperti dataran aluvial, dan dataran rawa.
Secara geografis Kabupaten Sukoharjo sendiri berada di zona depresi antara plato di bagian selatan (Wonogiri), Gunung Merapi di sebelah barat, perbukitan Kendeng di sebelah utara, dan Glinting Lawu di sebelah timur.
Letak yang dapat diibaratkan seperti dasar cekungan atau mangkuk ini mengakibatkan wilayah ini sangat rentan terhadap bencana banjir. Air limpasan yang masuk ke Kabupaten Sukoharjo berasal dari tiga arah, yaitu dari lereng tenggara Gunung Merapi, lereng barat daya Gunung Lawu, dan dataran tinggi Kabupaten Wonogiri.
Bencana banjir terbesar pernah terjadi pada tahun 1966 dan menjelang berakhirnya tahun 2007 pada daerah hilir, hal ini karena faktor topografi dengan kemiringan yang tinggi di hulu Sungai Bengawan Solo yang menyebabkan air sungai mengalir sangat deras sehingga sulit bagi tanah serta perakaran tanaman untuk dapat menangkap air.
Banjir yang terjadi pada tahun 1966 menggenangi sebagian besar pemukiman dan merusak lahan pertanian. Meskipun akhir-akhir ini banjir yang terjadi tidak begitu besar, namun banjir besar seperti masa lalu dapat terulang kembali di masa mendatang.
Untuk meminimalisir terjadinya bancana ini, maka diperlukan kajian tentang banjir mulai dari risiko hingga pemetaan banjir dan program penanggulangan bencana banjir.
Pendekatan geomorfologis digunakan untuk menganalisis bahaya banjir melalui kajian morfogenesis dan morfologi bentuk lahan serta sejarah banjir.
Untuk menilai risiko digunakan data bahaya banjir dan kerentanan penggunaan lahan dapat dilakukan scoring terhadap parameter geomorfologi dan penggunaan lahan dibuat dan dikombinasikan dengan analisis spasial.
Walaupun sekarang ini banjir yang terjadi di Kabupaten Sukoharjo tidak begitu besar tetapi tetap saja merugikan wilayah yang terdampak. Wilayah yang sering dilanda banjir akibat luapan sungai Bengawan Solo antara lain Kecamatan Polokarto, Kecamatan Grogol, dan Kecamatan Mojolaban. Adapun penyebab daerah tersebut sering direndam banjir luapan Bengawan Solo antara lain :
- Derasnya hujan terjadi di wilayah yang kurang resapan air di seperti Kecamatan Sukoharjo dan dataran tinggi seperti Kecamatan Weru. Sehingga terjadi peningkatan debit dan volume air sungai akibatnya di wilayah kontur tanah rendah ataupun hilir meluap.
- Terdapat bagian sungai cabang seperti sungai Jenes yang stagnan dan tidak mampu masuk ke Bengawan Solo karena kekuatan arusnya kalah dengan arus utama Bengawan Solo sehingga air meluap ke Desa Cemani hingga Desa Pabelan.
- Banyaknya warga yang tidak mau direlokasi dan tetap menghuni di sepanjang bantaran Sungai Bengawan Solo sehingga keadaan tanah di sekitar kiri dan kanan bangunan ambles dan menutup sisi-sisi sungai. Hal tersebut menyebabkan penyempitan aliran sungai sehingga rawan banjir di sekitar Kelurahan Sewu.
- Belum maksimalnya pembuatan saluran air yang sesuai dengan badan sungai dan kurang maksimalnya pengerukan sedimentasi sungai.
- Ruas sungai yang mulai menyempit karena penumpukan sampah yang dibuang sembarangan. Kebiasaan buruk masyarakat dalam membuang sampah sembarangan masih banyak ditemukan. Ketika sampah-sampah tersangkut, maka akan menghambat aliran sungai serta volumenya semakin besar. Saat volume semakin membesar, maka akan meningkatkan potensi tekanan yang sangat besar.
- Terdapat banyak titik-titik simpul penyumbatan air dan belum terealisasikannya pengadaan pintu dan pompa air di wilayah tersebut sehingga beberapa wilayah di Ngleses dan Samin tergenang.
- Rusak dan kurang berfungsinya wilayah resapan terutama di daerah hulu seperti Wonogiri karena mulai menyempitnya tutupan hutan/tanaman keras serta distribusi hutan yang kurang tepat. Banyak sekali pembukaan lahan untuk pemukiman dan jalan menyebabkan daerah resapan air juga berkurang.
- Sebagian besar wilayah Kabupaten Sukoharjo adalah dataran rendah sehingga sangat berpotensi terkena bencana banjir.