Phytosanitary certificate memiliki peran penting dalam menghadapi ancaman OPTK (Organisme Pengganggu Tanaman Karantina) di negara Indonesia. Berdasarkan pedoman sistem sertifikasi ekspor karantina tumbuhan (2010), Konvensi Perlindungan Tumbuhan Internasional (International Plant Protection Convention, IPPC) (1997) pada Pasal V menyatakan bahwa setiap negara anggota IPPC diwajibkan melaksanakan sertifikasi kesehatan tumbuhan (phytosanitary certificate) terhadap komoditas yang diperdagangkan antar negara dalam penerapan ketentuan fitosanitari. Sertifikasi ini bertujuan untuk menjamin bahwa barang kiriman ekspor bebas dari OPT sasaran termasuk OPT penting (regulated non quarantine pest) dan memenuhi persyaratan fitosanitari yang ditetapkan oleh negara tujuan. Phytosanitary certificate digunakan untuk sertifikasi, yaitu :
- Tumbuhan dan bagian tumbuhan seperti: benih, hasil tumbuhan hidup, hasil tumbuhan mati yang belum diolah dan hasil tanaman mati yang diolah
- Benda lain seperti: sarana pengendalian hayati, biakan organisme, tanah, kompos atau media pertumbuhan tumbuhan lainnya dan vektor.
- Pembungkus seperti: jerami, sekam, sabut, pelepah, goni, papan, dan serbuk gergaji.
- Alat angkut diantaranya: kapal laut, pesawat udara, kereta api, dan truk.
- Peralatan seperti: kontainer, alat rumah tangga, barang kerajinan dan alat-alat pertanian yang sudah dipakai yang memiliki potensi menyebarkan organisme pengganggu tumbuhan.
Pada komoditas hasil tumbuhan yang telah diproses sedemikian rupa sehingga tidak mempunyai potensi menyebarkan organisme pengganggu tumbuhan (seperti: buah dan sayuran olahan dalam kemasan kaleng, minyak nabati, gula) tidak memerlukan Phytosanitary Certificate. Hal tersebut telah diatur dalam ISPM Nomor 32 (2009) tentang Categorization of Commodities According to their Pest Risk. Penandatangan Phytosanitary Certificate dilakukan oleh Petugas Karantina Tumbuhan yang ditunjuk oleh Kepala UPT Karantina Pertanian setempat atas nama Kepala Badan Karantina Pertanian. Dalam hal pelaksanaan tindakan karantina tumbuhan dilakukan oleh pihak ketiga yang telah ditunjuk oleh Kepala Badan Karantina Pertanian di bawah pengawasan Petugas Karantina Tumbuhan. Tindakan karantina tumbuhan tersebut meliputi Pemeriksaan, Pengasingan, Pengamatan, Perlakuan, Penahanan, Penolakan, Pemusnahan, dan Pembebasan.
Sumber : Badan Karantina Pertanian, Pusat Karantina Tumbuhan. 2010. Pedoman Sistem Sertifikasi Ekspor Karantina Tumbuhan (Phytosanitary Certification System)