Kedudukan filsafat ilmu dalam organisasi ilmu pengetahuan, pada dasarnya filsafat ilmu bertugas memberi landasan filosofis untuk memahami berbagai konsep dan teri berdisiplin ilmu, dan sampai membekalkan teori ilmiah. Saratutantif fungsi pengembangan tersebut memperoleh perkembangan dan disiplin ilmu, agar dapat menampilkan teori supstantif.
Secara teknis dihadapkan dengan bentuk metodelogi, pengembangan ilmu dapat mengoperasionalkan pengembangan teori tensis, dan teori ilmiah disiplin masing - masing, kajian yang dibahas oleh filsafat ilmu adalah nukti, hakikat, atau esensi pengetahuan yang artinya filsafat ilmu lebih menaruh perhatian terhadap masalah - masalah. Ilmu pengetahuan seperti Ontologi, Epistemologi, Aksiologi, dari tiga landasan tersebut jika dikaitkan dengan reformasi, ilmu pengetahuan berlandasan nilai keislaman. Ontologi titik tolaknya pada penalaan ilmu pengetahuan yang didasarkan atas filosofis yang dimiliki seorang keilmuan. Dengan demikian kecerdasan ilmu ontologi pengetahuan sangat tergantung dengan cara pandang pengetahuan ilmu realitas. Manakala realitas masuk adalah materi, maka lebih terarah pada ilmu - ilmu empiris.
Fungsi filsafat ilmu dalam ilmu pengetahuan yaitu sebagai pemberi nilai perkembangan ilmu. Hal ini ditegaskan oleh aksiologi ilmu yang bertitik tolak kepada perkembangan ilmu pengetahuan.yang merupakan sikap etis yang harus dikembangkan oleh seorang ilmuan sikap etis terutama dengan diyakini nilai - nilai yang diyakini kebenarannya.