Perjalanan hubungan antara Indonesia dan Australia diawali dengan keharmonisan disaat Indonesia telah merdeka. Kerja sama Indonesia dan Australia ini telah melibatkan sejumlah bidang, serta upaya bersama dalam mengatasi isu regional yang menjadi peran penting dalam menguatkan hubungan kerja sama kedua negara ini. Dapat kita ketahui bahwa kedua negara ini juga memiliki momen ketegangan, keterlibatan ini merupakan upaya dalam membangun hubungan yang saling menguntungkan. Berikut beberapa bentuk keterlibatan atau kerja sama Indonesia dan Australia.
* Dukungan Australia terhadap pemberontakan PRRI/PERMESTA
Pemerintah Australia merasa prihatin akan perkembangan komunis yang semakin kuat di negara Indonesia, dan berupaya untuk menghambat perkembangan komunisme itu dengan jalan alternatif, salah satunya mendukung perkembangan pemberontakan di luar Jawa. Australia terlibat dalam pemberontakan Pemerintah Revolusioner Republik Indonesia (PRRI)/Permesta yang berlangsung pada tahun 1957-1958. Disisi lain keterlibatan Amerika Serikat juga tertarik untuk menjatuhkan kekuasaan Soekarno atau memecah belah Indonesia daripada membiarkan Indonesia jatuh ke tangan komunis. Keterlibatan Australia dalam hal ini karena kebijakan luar negerinya terhadap Indonesia pada masa itu dan juga tekanan yang diberikan Amerika Serikat sebagai negara penjamin keamanan di kawasan Asia Pasifik. Maka dari itu Australia sangat berhati hati dalam menerima ajakan Amerika dalam mendukung dan membantu PRRI/PERMESTA pada tahun 1958, karena Indonesia merupakan benteng pertahanan terakhir bagi Australia.
Adapun dukungan yang diberikan kepada PRRI/Permesta berbentuk dukungan logistik yang dipusatkan di Singapura. Sama halnya dengan Australia Amerika Serikat juga membantu memberikan bantuan berupa keperluan makanan, amunisi, dan senjata api untuk pemberontakan di Sumatera dan Sulawesi. Selain itu bukti dukungan Australia akan pemberontakan ini adalah dengan menyediakan dua kapal (HMAS Voyager dan HMAS Warmunga) yang berhenti di lepas pantai Sulawesi Selatan. Namun karena kekalahan yang berturut-turut dan jatuhnya Sumatera pada Mei 1958, akhirnya semua dukungan di alihkan ke pada presiden Soekarno. Hingga Presiden Amerika SerikatSerikat, Eisenhower segera mengulangi pernyataan secara terbuka bahwa Amerika Serikat bersikap netral
* Keterlibatan Australia Dalam Konfrontasi Malaysia
Konfrontasi atau yang lebih dikenal degan Ganyang Malaysia adalah konflik antara Indonesia dan Malaysia yang didasari rencana pembentukan Federasi Malaysia pada tahun 1961, rencananya Federasi Malaysia akan terbentuk persekutuan tanah melayu yang meliputu wilayah Singapura,Sabah, Serawah dan Brunei.Namun hal ini ditentang oleh Presiden Soekarno karena menurutnya Malaysia hanyalah Boneka Imperialisme inggris.
Disisi lain Australia juga memiliki keterlibatan atas konfrontasi antara Indonesia dan Malaysia, Gerakan Ganyang Malaysia merupakan langkah berani dari Presiden Soekarno karena hal ini bukan hanya Melibatkan Inggris tapi juga para sekutunya yang tergabung dalam SEATO, yang terdiri dari Negara: Australia, Inggris, Amerika, Malaysia dan Singgapura. SEATO sendiri adalah pakta pertahanan untuk membendung pengaruh komunis ke Asia Tenggara.Dalam hal ini Australia tidak setuju atau berbeda pandangan dengan Indonesia yang mengatakan bahwa Malaysia adalah Boneka Inggris, Menurut Australia sendiri pembentukan federasi Malaysia adalah proses dekolonisasi secara damai. Selain itu Gerakan Ganyang Malaysia adalah sebuah ancaman bagi Australia
Kebijakan Pemerintah Australia mengenai politik konfrontasi Indonesia terhadap Malaysia sampai pada tahap awal dipengaruhi oleh Menteri Luar Negeri Australia Garfield Barwick. Pandangan Garfield Barwick masalah Asia Tenggara harus menjadi aspek penting dalam hubungan luar negeri Australia. Pada dasarnya Gerakan Ganyang Malaysia yang dilakukan oleh Indonesia membuat Australia terancam alhasil, Pada 17 Agustus 1964, 40 gerilyawan Indonesia bersenjata lengkap mendarat dekat Pontianak, sekitar 30 mil di utara Selat Johor. Ini merupakan serangan besar pertama atas Semenanjung Malaya, walau serangan itu terbukti gagal. Serangan yang lebih serius terjadi pada 1-2 September dilakukan penerjunan dari udara yang melibatkan 100 pasukan para komando. Penerjunan yang dibarengi pecahnya kerusuhan rasial di Singapura pada hari yang sama itu juga merupakan ancaman serius bagi Malaysia. Hal ini juga mendorong pemerintah Australia yang lebih berpihak kepada Malaysia siap memberi bantuan militer pada tanggal 30 Oktober. Robert Menzies menyatakan di hadapan Parlemen bahwa untuk pertama kali pasukan Australia telah bertempur melawan angkatan bersenjata Indonesia, yaitu ketika lima puluh sampai enam puluh penyerang mendarat dari laut di pantai Malaysia, di selatan Malaka.Keterlibatan unit unit militer Austalia yang di kerahkan di Kalimantan atas permintan langsung pemerintah Malaysia
Disisi lain pada 1965 Indonesia juga mengahadapi konflik internal yang berujung pergantian presiden Soekarno diganti Seoharto dan pada Agustus 1966 Indonesia mengakhiri konflik dengan Malaysia dengan menandatangani perjanjian damai di Bangkok.
* Keterlibatan Australia dalam masalah Irian Barat
Pada awal kemerdekaan Indonesia, Australia merupakan salah satu negara yang mengakui kedaulatan Indonesia dan bersimpati terhadap perjuangan kemerdekaan Indonesia. Namun, ketegangan antara Indonesia dan Australia mulai muncul Ketika Indonesia mengklaim Irian Barat sebagai bagian wilayah Indonesia, hal ini mengarah pada perdebatan Panjang antara kedua negara dari tahun 1949 sampai pada tahun 1982.