Sejak zaman dahulu pesantren telah berfungsi sebagai lembaga pendidikan islam, wadah perjuangan islam, dan pusat" pelayanan masyarakat. Sampai sekarang fungsi itu masih tampak nyata dan menjadi ciri khasnya. Jadi ada 3 hal utama yag menjadi misi pesantren yakni pendidikan, perjuangan, dan pelayanan. Bukan sesuatu yang aneh apabila hampir semua upaya dan perjuangan untuk memajukan dan menjelaskan islam bermarkas di pesantren. Di bawah kepemimpinan para kiai/ulam yang menjadi pengasuhnya.
Kiai pesantren adalah sosok yang memiliki beragam peran. Dari peran sebagai pengelola, pengawas, pengendali hingga peran sebagai pembimbing utama jalanya kemajuan dan pengembangan pesantren. Kiai ya juga ulama pesantret tampil secara mandiri dalam mengelola basis sosialnya. (Keluarga kiai, ustadz, para santri, dan warga sekitarnya) pada umumnya sebuah pesantren di bangun dan di besarkan oleh kiai dan santrinya. Di bantu san di dukung oleh masyarakat.
Dunia pesantren bukan hanya mandiri saja, tetapi juga sangat unik, kiai dan santri mempunyai hubungan batin yang sangat kuat. Mereka satu hati dan satu misi. Seseorang santri yang berhasil menjadi ulama besar. Tidak akan melupakan jasa sang kiai yang pernah menjadi gurunya. Dan rasa hormatnya tidak akan pernah luntur. Para mantan Guru sudah mendapatkan tempat terhormat dalam renung hatinya.
Hubungan anatar NU dan pesantren diibaratkan seperti Ikan dan Air kedua"anya Tidak bisa di pisahkan " Ensklopedi hidup NU" ini sangat lancar menjelaskan akan sejarah mengapa NU memiliki kedekatan dengan pesantren? Menurutnya sebuah NU lahir senyatanya para ulama pesantren telah upaya membentuk organisasi "ATTU JAMIYAH" untuk mewadahi diri dan kiprohnya.
Sebagai markas perjuangan. Pesantren harus secara istiqomah memberikan pelayanan kepada masyarakatnya baik yang terkait urusan dunya maupun urusan akhirat. Pesantren yang tidak mau dan tidak mampu melayani masyarakat akan di tinggal oleh masyarakat. Dan pesantren tempat penggodokan calon ulama harus tetap eksis. Pesantren harus menjadi empat tempat pembinaan akhlak yang tidak pernah berhenti. Pesantren akan di butuhkan dan di cari cari apalagi ketika manusia akan yakin haus nilai dalam dunia yang makin mengabaikan Nilai
