Studi Islam telah menanggapi beberapa perubahan sepanjang zaman. Namun, studi Islam kembali menghadapi tantangan yang sulit saat menyongsong dan menghadapi milenium baru. Beberapa tantangan yang dihadapi studi Islam, antara lain adalah sebagai berikut:
1. Studi Islam dalam cengkeraman Orientalis
Orientalis adalah sarjana yang menguasai masalah-masalah, bahasa, dan literatur ketimuran. Namun, orientalisme adalah doktrin yang berusaha mempelajari bangsa-bangsa Timur dan lingkungannya. Masalah besar yang dihadapi kaum Muslim Indonesia, khususnya akademisi di perguruan tinggi Islam, adalah tantangan keilmuan Islam yang diciptakan oleh para orientalis dan masalah pengembangan ilmu-ilmu Islam (Ushuluddin) yang berkualitas tinggi di kampus-kampus Islam. Dengan menggunakan epistemologi relative dalam studi agama di Ushuluddin, framework studi agama-agama dalam tradisi Islam yang berbasis pada iman Islam telah dibuka. Namun, kita harus memperhatikan bahwa ada perbedaan mendasar antara Islam dan para orientalis pada umumnya dalam metodologi atau, lebih tepatnya, struktur penelitian agama. Bagi seorang Muslim, tujuan belajar agama adalah untuk memperoleh pengetahuan yang bermanfaat yang dapat meningkatkan iman dan ibadah mereka kepada Allah. Sebab manusia diciptakan untuk beribadah kepada Allah.
2. Persaingan global di abad ketiga.
Kami baru saja memasuki milenium ketiga. Tentu saja, bekal kita untuk milenium pertama harus berbeda dari bekal kita untuk milenium kedua, terutama abad ke-20. Milenium ketiga benar-benar penuh dengan persaingan global. Artinya, siapa pun yang tidak memenuhi standar kualitas global akan secara alami tersingkir. Salah satu paradigma yang berbeda adalah yang berkaitan dengan stabilitas dan predikbilitas. Pada milenium kedua, orang selalu percaya bahwa semuanya stabil dan dapat diprediksi, tetapi pada milenium ketiga, menjadi semakin sulit untuk menemukan stabilitas. Sikap mental manusia harus siap untuk mengantisipasi perubahan yang cepat dalam milenium ketiga yang semakin tidak dapat diprediksi. Orang-orang tidak dapat lagi bertindak reaktif; mereka hanya menunggu dan menghindari setiap masalah atau resiko demi resiko untuk mempertahankan status quo. Namun, pada milenium ketiga, orang menjadi lebih proaktif dengan menerima ketidakjelasan yang disebabkan oleh perubahan yang sangat dinamis.
3. Orientasi studi islam yang kurang jelas
Studi Islam dewasa ini, dari segi apa saja terlihat goyah terutama karena orientasi yang semakin tidak jelas. Oleh karena itu, sistem pendidikan Islam harus selalu berfokus pada menjawab kebutuhan dan tantangan yang muncul dalam masyarakat kita sebagai akibat dari transformasi. Jika tidak, studi Islam di Indonesia akan tertinggal di kompetisi global.
Di samping berbagai tantangan yang dihadapi dalam studi Islam, juga muncul peluang yang dapat dikembangkan dalam studi Islam. Peluang- peluang tesebut antara lain adalah sebagai berikut:
1. Studi Islam dan pengembangan kualitas intelektual
Studi Islam sudah dengan sendirinya merupakan masalah intelektual dalam makna seluas-luasnya. Jika studi Islam mengabaikan aspek intelektual dan terlalu berfokus pada aspek praktis, pada akhirnya akan mengakibatkan kemandulan dan kebangkrutan intelektualisme.
2. Pengembangan disiplin ilmu yang pasti dalam program pendidikan Islam