Hambatan yang terjadi dalam mengelola keuangan terutama di sekolah biasanya adalah minimnya pembukuan setiap transaksi yang terjadi, jadi setiap item atau transaksi tidak dicatat dalam pembukuan dengan benar atau bahkan tidak dicatat sama sekali sehingga hal ini akan membuat laporan keuangan tidak sesuai dengan kondisi rill yang sebenarnya (Silele, 2017). Selain itu hambatan lain yang terjadi adalah ketidaksesuaian antara perencanaan dengan pelaksanaan, terkadang perencanaan dana BOS yang dibuat pada RKAS tidak dijalankan dengan semestinya yang berakibat pada laporan keuangan yang tidak menyatakan yang sebenarnya. Tidak optimalnya pengelolaan dana BOS oleh sekolah perlu menjadi evaluasi perlunya perbaikan dalam hal pengelolaan, misalnya saja menggunakan asas pemisahan tugas, perencanaan, dan pembukuan setiap transaksi yang terjadi agar dana BOS dapat dikelola dengan baik oleh sekolah.
Keuangan sekolah perlu dikelola dengan baik. Pengelolaan keuangan sekolah penting untuk dilakukan agar dana yang diperoleh dapat digunakan secara efektif dan efisien. Sekolah dalam pengelolaan dana Bantuan Operasional Sekolah (BOS) wajib berpedoman pada Buku Petunjuk Teknis Penggunaan dana BOS yang diterbitkan oleh Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan sebagai kementerian teknis yang bertanggungjawab dalam pelaksanaan dan pengelolaan program BOS (Mulyono, 2015).
Pengelolaan dana Bantuan Operasional Sekolah merupakan Implementasi dari manajemen berbasis sekolah (MBS), melalui MBS diharapkan sekolah dapat mengelola dana BOS secara transparan dan akuntabel, yang berarti ada keterbukaan dari pihak sekolah dari segi pengelolaan dan juga pelaporan dana BOS reguler kepada masyarakat maupun pemerintah (Mushthofa et al., 2022). Dengan adanya transparansi dan akuntabilitas sekolah kepada publik maupun pemerintah, yang merupakan bentuk kontrol yang bertujuan untuk penyelenggaraan pendidikan yang lebih sehat. Salah satu faktor yang mempengaruhi keberhasilan program BOS adalah pengelolaan dana dan sumberdaya yang ada dalam program BOS (Rahayuningsih, 2020).
Pentingnya pengelolaan dana BOS yang baik akan mampu membantu ketercapaian tujuan dari program BOS dengan efektif dan efisien, melalui suatu proses kerjasama yang sistematis dari perencanaan, pelaksanaan, sampai dengan evaluasi. Transparansi dan akuntabilitas menjadi permasalah penting dalam pengelolaan dana bantuan operasional sekolah (BOS) yang harus segera diselesaikan, karena sekolah pada umumnya tidak ingin laporan penggunaan dana BOS diketahui oleh masyarakat, sehingga transparansi dan pertanggungjawaban sekolah hanya terkesan sebagai formalitas yang harus dijalankan (Kaswandi, 2015). Dengan laporan penggunaan dana BOS yang tidak dipublikasikan oleh sekolah, dan dengan tidak adanya audit oleh akuntan publik, menunjukan bahwa masih rendahnya kesadaran sekolah akan pentingnya akuntabilitas dan transparansi dalam pengeloalaan dan penggunaan dana BOS (Fitri, 2014). Untuk itu dalam pengelolaan dana BOS perlu adanya evaluasi, mulai dari perancanaan, pelaksanaan, penggunaan sampai dengan pelaporan pertanggungjawaban keuangan dana BOS, agar dalam pengelolaan dana BOS sesuai dengan Juknis dan tidak terjadi kebocoran atau penyalagunaan dana BOS.