Beberapa kendala yang dihadapi dalam pengembangan LKMS di antaranya adalah masih rendahnya kualitas dan kapasitas SDM pengelola akan konsep-konsep pengembangan ekonomi syariah dan terbatasnya modal serta akses permodalan yang dirasa cukup sulit. Selain itu, LKMS juga dihadapkan pada kesiapan lembaga terhadap pelaporan keuangan yang cukup ketat, manajemen mayoritas masih tradisional, belum memiliki business plan yang matang serta masih rentan akan intervensi pengurus. Kemudian tidak memiliki lembaga sejenis LPS dan persaingan yang semakin ketat dengan perbankan terutama dalam hal pembiayaan (lending).
Salah satu solusi yang bisa digunakan untuk permasalahan tersebut adalah dengan diadakannya pelatihan bagi SDM agar SDM di dalam LKMS sesuai dengan bidangnya. Hal ini dapat membuat LKMS semakin profesional di setiap kegiatan usahanya. Selain itu LKMS harus merekrut SDM yang sesuai dengan keahliannya sehingga kegiatan LKMS dapat berlajan dengan baik dan lancar.
Dari sisi pemerintah harus diadakan pembinaan dan pendampingan LKMS serta pembuatan peraturan yang mendukung LKMS sehingga LKMS di indonesia dapat berkembang.