Penyelenggaraan zakat pada masa Nabi dilakukan langsung oleh Nabi Muhammad SAW dan para sahabat, dimana zakat dikumpulkan dan dibagikan kepada orang-orang yang berhak yaitu fakir miskin, fakir miskin dan fakir miskin lainnya. Pada masa itu, penyelenggaraan zakat sangat transparan dan berdasarkan prinsip keadilan sosial.
Sedangkan di Indonesia saat ini, penyelenggaraan zakat dilakukan melalui berbagai lembaga Amil Zakat yang terdaftar di Badan Amil Zakat Nasional (BAZNAS) atau lembaga zakat lainnya. Zakat dikumpulkan dari masyarakat dan disalurkan kepada mereka yang berhak melalui program-program yang telah ditetapkan seperti pendidikan, kesehatan, bantuan keuangan, dan lain-lain. Namun permasalahan seperti kurangnya transparansi dan efisiensi masih menjadi perhatian dalam administrasi zakat di Indonesia.
Pada massa rasulullah terdapat beberapa pembagian dalam pengelolaan zakat yaitu :
1. Katabah, adalah orang yang bertugas mencatat wajib zakat dimasa Rasulullah yaitu Muadz Bin Jabal. Pengelolaan zakat dimasa rasulullah dibantu oleh para sahabat.
2. Hasabah, dimasa rasullah pelaksanaan pengelolaan zakat langsung dikontrol oleh rasul tidak merencanakan apa saja yang harus dilaksanakan.
3. Jubah, pada massa Rasulullah dalam mengambil zakat merujuk kepadaa surah At-Taubah 103. Dengan itu Rasulullah mengutus 25 Amil zakat ke pelosok daerah untuk mengambil zakat.
4. Khazanah, adalah Pendistribusian zakat merujuk kepada surah At-Taubah 60, begitupun dengan masa Rasul merujuk kepada delapan asnaf. Umar Bin Khattab salah satu sahabat Nabi yang membantu dalam mengelola zakat, penghimpunan dan pemeliharaan zakat.
5. Qasamah, adalah Pendayagunaan zakat merupakan salah satu upaya untuk mewujdkan kesejahteraan para mustahik.
Sedangkan pada saat ini di Indonesia pengelolaan zakat terbagi menjadi beberapa bagian yaitu :
1. Perencanaan, Perencanaan dilakulan oleh pemerintah yaitu Badan Amil Zakat Nasional yang sebelumnya jika ingin mecatat wajib zakat seperti yang dilakukan Rasulullah perlu direncanakan terlebih dahulu apa saja yang dingin dilakukan.
2. Pelaksanaan, dilakukan untuk melaksanakan apa yang telah direncanakan sebelumnya.