Di negara Malaysia zakat dikelola oleh Negeri yang mempunyai hak dan kewajiban penuh dalam mengelola zakat. Selain sebagai pengelola, penanggung jawab pengelolaan dan pelaksanaan zakat di Malaysia, Pemerintah melalui perwakilan kerajaan Negeri juga berperan dalam membuat regulasi dalam bentuk undang-undang zakat.
Undang-undang tentang zakat dibuat oleh Majelis Perundang-undangan Negeri. Ada beberapa sumber zakat di Malaysia, yaitu : hasil pertanian, zakat perniagaan, zakat gaji pekerja (pendapatan), dan zakat perusahaan. Khusus pada zakat pertanian, mayoritas undang-undang yang berlaku di semua Negeri menjelaskan hanya padi sebagai sumber zakat seperti dalam Enakmen Pentadbiran Undang-Undang Agama Islam (Fitrah dan Zakat) (pindaan) Tahun 1969 Pasal 9.
Berdasarkan peraturan kewajiban zakat tersebut, pengelolaan zakat di Malaysia dikatakan lebih efektif daripada pengelolaan zakat di Indonesia. Hal ini dikarenakan peraturan yang lebih kuat dapat memberikan dampak yang lebih besar terhadap pembayaran zakat.
Administrasi zakat di Malaysia awalnya berada di bawah naungan Pusat Pengumpulan Zakat (PPZ) pada tahun 1991. Hal ini merupakan bentuk privatisasi lembaga zakat yang bertujuan untuk meningkatkan citra lembaga, serta untuk mengoptimalkan dan mengelola dana zakat secara efektif. Privatisasi lembaga zakat telah terjadi di beberapa negara, namun lembaga-lembaga ini tetap berada di bawah kewenangan Dewan Agama Islam.
Negara Malaysia merupakan negara yang tidak memiliki peraturan yang mengatur secara nasional terkait pengelolaan zakat, melainkan sistem pengelolaan zakatnya didasarkan pada peraturan masing-masing negara bagian. Dalam sistem pengelolaan zakat Malaysia, setiap negara bagian memiliki hak dan wewenang penuh untuk mengelola zakat. Setiap negara memiliki organisasi zakat berupa perusahaan swasta yang mengelola zakat dan Baitul Maal atau Komite Zakat di bawah kekuasaan Majelis Agama Islam dengan kebijakan, tujuan, dan fungsinya masing-masing.
Pada praktik pengumpulan dana zakat dari masyarakat dilakukan oleh perusahaan swasta (PPZ) yang berada di bawah pengawasan Majelis Agama Islam (MAI), sedangkan penyaluran dana zakat yang telah terkumpul dilakukan oleh Baitul Maal. Namun, pada realitanya tidak semua negara bagian memiliki kedua lembaga tersebut, melainkan di beberapa negara bagian hanya terdapat salah satu dari lembaga tersebut. Jika pada negara bagian hanya terdapat satu dari lembaga pengelola zakat tersebut (misalnya hanya PPZ/Baitul Maal), maka pengumpulan dan pendistribusian dana zakat dilakukan oleh institusi.
Negara Malaysia juga merupakan negara yang memberikan keistimewaan kepada masyarakat muslim serta badan usaha umat muslim berupa pengurangan jumlah pajak penghasilan yang harus dibayarkan, jika umat muslim tersebut telah membayar zakat kepada otoritas keagamaan dengan memberikan bukti tanda terima zakat. Semakin banyak jumlah zakat yang dibayarkan oleh umat muslim, maka semakin sedikit pula jumlah pajak penghasilan yang harus dikeluarkan kepada negara. Sedangkan, jika jumlah dana zakat yang disalurkan sama atau lebih besar dari jumlah pajak yang seharusnya dibayarkan, maka umat muslim tersebut tidak perlu untuk membayar pajak penghasilan kepada negara.
Begitu pula penyelenggaraan Zakat, Infaq dan Sedekah di Singapura tidak dikendalikan oleh perorangan. Semuanya dikelola di seluruh perusahaan. Selain Zakat, donasi juga dikumpulkan untuk pembentukan madrasah dan pembangunan masjid. Selain rekening bank, pembayaran juga dapat dilakukan di beberapa masjid di Singapura.
Di Singapura zakat dikelola oleh Majlis Ugama Islam Singapura. Pemerintah Singapura tidak mengurus perihal pengelolaan zakat. Zakat di Singapura dikelola secara korporat termasuk jenis zakat yang dihimpun. Penghimpunan zakat dilakukan bersama dengan penghimpunan infak dan sedekah. MUIS mempunyai kuasa untuk mengumpulkan Zakat dan Fitrah berdasarkan Undang-Undang Islam Singapura. Pada pasal 69 dinyatakan bahwa, MUIS dengan kebenaran Menteri boleh membuat Undang-Undang untuk menangani semua hal yang berkaitan dengan pungutan, hal pentadbiran dan pengagihan Zakat dan Fitrah.
Pengelolaan zakat di Singapura tidak dilakukan secara individu. Zakat dikelola secara korporat bersama dengan infak dan sedekah. Pengelolaan zakat di Singapura tidak diurusi oleh Pemerintah Singapura. Pengumpulan hingga pembagian zakat sepenuhnya diserahkan kepada warga negaranya. Tugas administrasi zakat di Singapura dilakukan oleh Majlis Ugama Islam Singapura (MUIS).