Beberapa mujizat-mujizat dalam Kitab Yohanes yang menyatakan kuasa-kuasa (dunameis) Allah yang kreatif, maupun sebagai “keajaiban-keajaiban” yang menyatakan kemuliaan Allah dalam diri Yesus Kristus. Ketujuh mujizat tersebut sebagai berikut:
- Mujizat pertama, Yesus mengubah air menjadi anggur, sebagai tanda bahwa Dia telah mengkuhkan suatu tatanan baru. Keenam tempayan air di pesta di Kana, yang digunakan untuk pembasuhan secara seremonial, bisa dianggap sebagai lambang-lambang dari tatanan lama, yaitu Yudaisme. Namun Yesus mengubah air menjadi anggur sebagai tanda bahwa di dalam dan bersama kedatangan-Nya, kerajaan Allah telah tiba.
- Mujizat kedua dan ketiga, Yesus melakukan dua mujizat kesembuhan, sebagai tanda-tanda dari klaim-Nya untuk memberi hidup baru. Mula-mula Dia menyembuhkan anak laki-laki seorang pegawai istana di Kapernaum (Yoh. 4:43, 54), kemudian di kolam Betesda di Yerusalem, Dia menyembuhkan seorang laki-laki yang sudah cacat selama tiga puluh delapan tahun (Yoh. 5:1-9)
- Mujizat keempat, Yesus secara ajaib memberi makan lima ribu orang dengan lima roti dan dua ikan, sebagai tanda bahwa Dia mengkalim sebagai roti hidup. Yesus mengungkapkan bahwa Dialah roti hidup (Yoh. 6:35), yang dapat memuaskan hati manusia yang lapar dan haus akan kebenaran.
- Mujizat kelima, Yesus berjalan di atas air, sebagai tanda dari klaim-Nya bahwa kekuatan-kekuatan alam tunduk kepada otoritas kerajaan-Nya. Ketika Yesus naik ke atas gunung untuk berdoa dan kedua belas murid-Nya naik perahu untuk meyeberangi danau, mereka kewalahan karena badai yang dashyat. Mereka merasa sendirian dan ditinggalkan. Dalam keadaan yang demikian, Yesus mendatangi mereka dengan berjalan di atas air dan berkata: “Aku ini, jangan takut!” (Yoh. 6:16-21).
- Mujizat keenam, Yesus mencelikkan mata seorang laki-laki yang terlahir buta sebagai tanda dari klaim-Nya sebagai terang dunia. Yesus berkata bahwa barangsiapa yang mengikuti Dia tidak akan berjalan dalam kegelapan, melainkan ia akan mempunyai terang hidup (Yoh. 8:12). Yohanes menuturkan kisah ini, dia menarik suatu kontras antara orang-orang Farisi dan orang yang terlahir buta itu. Kaum Farisi dapat melihat tetapi buta secara rohani, sedangkan orang yang terlahir buta dicelikkan kembali dan pada saat yang sama menjadi percaya.
- Mujizat ketujuh, Yesus membangkitkan Lazarus, yang sudah mati selama empat hari, sebagai tanda dari klaim-Nya sebagai kebangkitan dan hidup. Yesus berkata: “Akulah kebangkitan dan hidup; barangsiapa percaya kepada-Ku, ia akan hidup walaupun ia sudah mati, dan setiap orang yang hidup dan yang percaya kepada-Ku, tidak akan mati selama-lamanya (Yoh. 11:25-26). Dengan kata lain, Yesus adalah hidup bagi orang-orang yang hidup dan kebangkitan bagi orang-orang mati.