BAGI masyarakat Jawa, Gunung Merapi yang sebagian berada di wilayah Daerah Istimewa Yogyakarta dan sebagian lainnya berada di wilayah Provinsi Jawa Tengah tersebut selalu disimbolkan dengan Bapa(lingga/proton). Sementara, Laut Selatan disimbokan dengan biyung (yoni/elektron).
Gunung Merapi dan Laut Selatan dihubungan oleh Sungai Boyong (Sungai Code) yang mengalir di sebelah timur Keraton Kesultanan Yogyakarta. Dari sini, Keraton Kesultanan Yogyakarta berperan sebagai penghubung antara Gunung Merapi-Laut Selatan, bapa-biyung, atau proton-elektron (netron). Sehingga dimaknai bahwa Keraton Kesultanan Yogyakarta sebagai sumber cahaya (kehidupan) atau pusat kebudayaan bagi seluruh kawula Yogyakarta.
Sebagai gunung sakral, Merapi yang sangat anggun bila disaksikan dari kejauhan tersebut pula dianggap oleh masyarakat Jawa menyimpan segudang misteri.
Tentu saja, kemisteriusan Gunung Merapi senantiasa berkaitan dengan hal-hal yang bersifat gaib. Sekalipun hampir setiap gunung di Jawa memiliki misteri, namun kemisteriusan Gunung Merapi memiliki perbedaaan. Hal ini telah diungkapkan oleh para pendaki Gunung Merapi serta orang-orang pintar. Menurut mereka, Gunung Merapi menyimpan tiga misteri yang telah terkuak yakni Ingkang Mbaureksa (penunggu gunung), Pasar Bubrah, dan awan Mbah Petruk.
Ingkang Mbaureksa
Menurut para pendaki gunung dan orang-orang pintar, Ingkang Mbaureksa yang dikenal para Eyang Merapi tersebut adalah para petinggi bangsa makhluk halus di Merapi. Dikatakan para Eyang Merapi karena penjaga Merapi yang berjenis makhluk tersebut bukan hanya satu, melainkan sembilan. Di mana dalam konsep kejawen, sembilan merupakan bilangan yang menyimbolkan kesempurnaan. Adapun kesembilan Ingkang Bhaureksa Merapi adalah Eyang Merpai, Kiai Sapu Jagad, Kiai Megantara, Nyai Gadungmlati, Kiai Antaboga, Mbah Petruk, Kiai Sapu Angin, Kiai Wolawali, dan Kiai Kartadimejo.
Persepsi yang diutarakan oleh orang-orang pintar bahwa Eyang Merapi merupakan raja yang menguasai Keraton Merapi. Kiai Sapu Jagad bertugas menentukan apakah Gunung Merapi meletus atau tidak. Kiai Megantara dipercaya sebagai pengendali cuaca di Gunung Merapi.
Nyi Gadung Melati dipercaya sebagai pimpinan para makhluk halus wanita dan bertugas menjaga kesuburan tanaman di sekitar Gunung Merapi. Kiai Antaboga dipercaya sebagai makhluk halus yang menjaga keseimbangan Gunung Merapi. Mbah Petruk dipercaya sebagai pemuka jin yang akan memberi tanda tentang kapan Merapi akan meletus. Kiai Sapu Angin dipercaya sebagai pengatur arah angin. Sementara, Kyai Wola-Wali dipercaya sebagai penjaga teras Keraton Merapi.
Ingkang Mbaureksa Gunung Merapi yang terakhir adalah Kiai Kartadimejo. Menurut masyarakat setempat, Kiai Kartadimejo yang dipercaya sebagai komandan pasukan makhluk halus dan menjaga semua hewan di Merapi tersebut sering mendatangi rumah-rumah penduduk.
Pasar Bubrah
Misteri Gunung Merapi yang cukup dikenal oleh masyarakat luas yakni Pasar Bubrah. Mbah Marijan (almarhum), Merapi selalu menggelar Pasar Bubrah pada setiap Malam Jumat Kliwon. Pendapat Mbah Marijan ini telah dibuktikan oleh beberapa pendaki gunung.
Bagi setiap orang yang ingin membuktikan adanya Pasar Bubrah harus berada di sekitar lereng Gunung Merapi. Bila mendapat izin dari Tuhan, mereka akan mendengarkan alunan gendhing Jawa yang kemudian diikuti dengan keriuhan pasar seperti suasana pasar di alam manusia.