Wacana bahwa LEKRA (Lembaga Kebudayaan Rakyat) bukan bagian dari PKI (Partai Komunis Indonesia) dan bahwa LEKRA dan PKI ialah dia organisasi yang berlainan baru muncul setelah Joebaar Ajoeb (Sekertaris Umum LEKRA) keluar dari tahanan pemerintah Orde Baru dan menulis sebuah Mocopat Kebudayaan Indonesia untuk menyambut Kongres Kebudayaan IV pada tahun 1990. Menurut Joebaar "LEKRA adalah sebuah gerakan kebudayaan yang nasional dan kerakyatan, yang di dalamnya memang ada orang-orang yang menjadi anggota PKI, tetapi sebagian besarnya bukan anggota PKI. Sedangkan PKI ialah partai politik, dan politik adalah sebuah pembidangan teoritis. Meskipun demikian ada keterangan panjang lebar, tetapi tidak jelas apa maksudnya dengan kalimat terakhir itu. Menurut Joebaar menjelang akhir tahun 1965, sebuah gagasan PKI disampaikan kepada sementara anggota Pimpinan Pusat LEKRA. Gagasan itu menghendaki agar LEKRA dijadikan organisasi PKI yang juga punya anggota non PKI. Jika LEKRA setuju praktis berarti mem-PKI-kan LEKRA. Maka hal itu akan diumumkan secara formal. Tapi LEKRA telah menolak gagasan itu.Tentu saja harapan yang utama agar LEKRA diperbolehkan hidup lagi di Indonesia dan diakui sebagai bagian dari pegiat kebudayaan Indonesia.
Langkah-langkah LEKRA pada masa menjelang Gestapu adalah melaksanakan politik PKI. Meskipun misalnya benar tidak ada hubungan organisasi antara LEKRA dan PKI, tapi langkah LEKRA selalu melaksanakan politik PKI. PKI menetapkan harus jelas antara lawan dan kawan, LEKRA juga berpegang kepadanya. Waktu PKI menetapkan "Politik sebagai panglima", semboyan itu segera dijadikan pegangan oleh LEKRA. Tidak pernah terdengar pada masa itu ada orang yang mengatakan bahwa LEKRA bukan PKI. Bahkan Joebaar Ajoeb maupun Njoto juga tidak pernah berkata demikian, sehingga orang berpendapat bahwa LEKRA adalah lembaga dalam bidan kebudayaan yang dibentuk oleh PKI.
Hubungan organisatoris secara formal tidak penting, yang penting adalah kesediaan mematuhi semua kebijaksanaan politik pimpinan Partai. Dan selama ini hal itu lah yang terjadi. Sejak didirikannya LEKRA (1950) sampai terjadinya peristiwa Gestapu (1965), langkah LEKRA selalu mengikuti garis politik PKI. Tidak ada satu peristiwa atau pernyataan pun dari pihak LEKRA atau tokoh-tokohnya pada masa itu yang menunjukkan bahwa mereka melakukan hal-hal yang lain dari garis politik yang ditetapkan oleh pimpinan PKI. Artinya meskipun secara formal organisatoris LEKRA dan PKI tidak ada hubungannya, tetapi dalam praktek apa yang dilakukan LEKRA dan tokoh-tokohnya berdasarkan garis politik pimpinan PKI. Hal itu bisa dibuktikan dalam setiap langkah dan kegiatan LEKRA yang dapat disaksikan secara sejarah melalui rekaman-rekaman pers.