Lembaga Negara dalam kepustakaan Inggris menggunakan istilah political institution, sedangkan dalam terminologi bahasa Belanda menggunakan istilah staat organen. Sementara itu, Bahasa Indonesia menggunakan istilah Lembaga Negara, Badan Negara atau Organ Negara.
Di dalam Kamus Besar Bahasa Indonesia terdapat istilah lembaga pemerintahan yang diartikan sebagai badan-badan pemerintahan di lingkungan eksekutif. Jika kata pemerintah diganti dengan negara, sehingga menjadi lembaga negara, maka hal itu berarti badan-badan negara di lingkungan pemerintahan negara. Jadi tidak hanya badan eksekutif tetapi juga badan legislatif, yudikatif dan badan-badan negara lainnya.
Secara umum, pengertian lembaga negara disebut juga dengan istilah lembaga pemerintahan, lembaga pemerintahan non departemen atau bahkan lembaga negara saja. Lembaga negara (civilizated organization) yang dibentuk oleh negara bertujuan melaksanakan fungsi negara sekaligus menyelenggarakan pemerintahan negara. Oleh karena itu, pada hakekatnya lembaga negara dalam suatu negara bersifat independen dalam melaksanakan fungsi dan kewenangannya.
Lembaga negara ini terbentuk karena diberikan kekuasaan berdasarkan konstitusi (UUD), ada yang dibentuk berdasarkan undang-undang, dan ada pula yang terbentuknya didasarkan pada keputusan presiden. Kedudukannya bergantung pada tingkat pengaturannya menurut peraturan perundang-undangan yang berlaku. Oleh karena itu, lembaga negara yang diatur dan terbentuk berdasarkan UUD merupakan organ konstitusi, lembaga negara yang terbentuk berdasarkan UU merupakan organ UU, sementara yang terbentuk berdasarkan keputusan presiden lebih rendah lagi tingkatan dan derajat perlakuan hukum terhadap pejabat yang berada dan duduk di dalam lembaga negara tersebut.
Dari segi hierarki lembaga negara dapat dibedakan menjadi tiga lapis. Organ lapis pertama biasa disebut sebagai lembaga tinggi negara, organ lapis kedua disebut dengan lembaga negara dan organ lapis ketiga adalah lembaga daerah.
Organ konstitusi yang berada pada lapis pertama antara lain adalah;
1. Presiden dan Wakil Presiden;
2. Dewan Perwakilan Rakyat (DPR);
3. Dewan Perwakilan Daerah (DPD);
4. Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR);
5. Mahkamah Agung (MA);
6. Badan Pemeriksa Keuangan (BPK).
Sedangkan organ lapis kedua atau yang sering disebut dengan lembaga negara, dalam mendapatkan kewenangan yang ada yang didasarkan dari UUD, dan ada pula yang mendapatkan kewenangan berdasarkan dari Undang-Undang. Lembaga yang mendapatkan kewenangan dari UUD misalnya Tentara Nasional Indonesia (TNI) dan Kepolisian Negara sedangkan lembaga yang sumber kewenangannya berasal dari Undang-Undang misalnya Komisi Nasional Hak Asasi Manusia (KOMNASHAM), Komisi Penyiaran Indonesia (KPI) dan Komisi Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi (KPK). Kedudukan kedua jenis lembaga negara tersebut dibandingkan satu sama lain, hanya saja, lembaga negara yang kewenangannya berasal dari UUD lebih kuat dibandingkan lembaga negara yang kewenangannya bersumber dari Undang-Undang.
Lembaga negara sebagai organ konstitusi lapis kedua adalah:
1. Menteri Negara;
2. Tentara Nasional Indonesia;
3. Kepolisian Negara;
4. Komisi Yudisial;
5. Komisi Pemilihan Umum; dan
6. Bank sentral.
Sementara organ konstitusi yang termasuk kategori lembaga negara yang sumber kewenangannya berasal dari peraturan perundang-undangan di bawah undang-undang, misalnya yaitu Komisi Hukum Nasional yang dibentuk berdasarkan Keputusan Presiden. Artinya, keberadaannya secara hukum hanya berdasar atas Kebijakan Presiden belaka (Presidential Policy) atau beleid presiden.
Selain itu, ada pula lembaga-lembaga daerah yang diatur dalam BAB IV UUD 1945 tentang pemerintahan daerah. Lembaga-lembaga daerah tersebut adalah:
1. Pemerintahan Daerah Provinsi;
2. Gubernur;
3. DPRD Provinsi;
4. Pemerintahan Daerah Kabupaten;
5. Bupati;
6. DPRD Kabupaten;
7. Pemerintahan Daerah Kota;
8. Walikota; dan
9. DPRD Kota.
Selain itu, Firmansyah Arifin mengklasifikasikan lembaga-lembaga negara berdasarkan landasan hukum pembentukannya yaitu lembaga-lembaga negara berdasarkan UUD 1945 berdasarkan Undang-Undang (UU) dan berdasarkan Keputusan Presiden (Keppres).
