Fault pertama jika Pajak (PPN) jalan tol diterapkan adalah penolakan dari publik. Banyak yang berpandangan bahwa pengenaan pajak atas jalan tol adalah tidak tepat. Lebih tidak tepat jika ini diterapkan untuk jalan tol yang sudah berumur lebih dari 20 tahun seperti Tol Jagorawi dan Tol dalam kota DKI Jakarta.
Fault yang kedua adalah pengenaan pajak ini berpotensi mengurangi penerimaan negara dan bukan sebaliknya. Ini terjadi karena sistem PPN mencakup ada restitusi (refund) untuk pajak yang sudah dibayar oleh perusahaan kena pajak (PKP).
Pengusaha jalan tol dalam menyediakan layanannya perlu mengeluarkan dana investasi dan biaya-biaya operasional yang merupakan barang dan jasa kena pajak. Dengan kata lain, pengusaha jalan tol harus membayar pajak untuk pembelian barang dan jasa tersebut. Nantinya, jika Pajak jalan tol diterapkan, pengusaha jalan tol tetap wajib membayar pajak itu dan dia juga wajib memungut pajak jalan tol dari supir-supir yang lewat di jalan tol dan kemudian menyetorkannnya ke kas negara.
Biasanya ada selisih antara pajak yang sudah dibayar terdahulu dengan pajak yang dipungut sekarang. Pajak yang dipungut sekarang untuk kasus jalan tol adalah pajak jalan tol. Menurut beberapa perhitungan sederhana penulis dan beberapa Peneliti Kementerian Keuangan yang lain refund itu nilainya lebih besar dari pajak jalan tol yang diterima sehingga berpotensi mengurangi penerimaan negara.
Dalam kaitan ini, Moh. Nasir, Peneliti Muda Kementerian Keuangan, membuat analisis sederhana seperti dibawah ini. Disini terlihat jelas adanya potensi penurunan penerimaan negara yang hampir 50%.
Penerimaan PPN sebelum PPN Jalan Tol diterapkan
Rupiah
·Pendapatan jasa jalan tol
8.500.000.000
·Biaya-biaya
6.800.000.000
·PPN yg sudah dibayar terdahulu: 10% * Rp6.800.000.000 (a)
680.000.000
·Laba kena PPh
1.020.000.000
·PPh 25% *Rp1.020.000.000 (b)
255.000.000
·Total Penerimaan Negara (PPN+PPh): (a+b)
935.000.000
Penerimaan PPN setelah Pajak Jalan Tol Berlaku
·Pendapatan jasa jalan tol
8.500.000.000
·Biaya-biaya
6.800.000.000