Pada saat ia pulang ke Lamongan ia pun turut mempengaruhi adiknya yang bernama Amrozi dan Ali Imron untuk mengikuti jejaknya sebagai teroris dan juga pada akhirnya mereka bergabung ke dalam kelompok teroris JI lalu ikut serta dalam merencanakan terror bom Bali. Anggota yang terlibat dalam perencanaan tersebut  merupakan lulusan militer Afghanistan. Maka dari itu mereka semua mempunyai keahlian berperang hingga merakit bom berdaya ledak tinggi.
Selama Rapat ini berlangsung, Muklas ini terus meyakinkan anggota-anggota yang masih agak ragu dengan rencana teror tersebut. Lalu ia mengatakan "kita ini harusnya malu dengan Mujahidin Mujahidin negara lain, Mereka aja udah jihad di negaranya masing-masing kita mana kok kita belum beraksi, malu lah sama mereka" Perkataan muklas itulah yang kemudian berhasil membuat anggota-anggota yang lain ingin segera mewujudkan rencana tersebut. Dan karena itulah salah satu lulusan Akmil Afghanistan asal Indonesia lainnya yang bernama Imam Samudra pun bergabung. Dan dari hasil pertemuan itu diputuskanlah bahwa pemimpin bom Bali 1 adalah Imam Samudra yang juga lulusan Akmil Afghanistan. Kenapa bukan Muklis yang menjadi pemimpin terror tersebut? Sebenarnya belum ada informasi pasti kenapa akhirnya Imam Samudra yang dipilih, tapi kemungkinan besarnya Muklis ini telah mengakui kemampuan Imam Samudra dikarenakan mereka merupakan teman satu angkatan saat masih di Akmil.
Setelah ditunjuk sebagai ketua, Imam pun kemudian membagi timnya menjadi dua kelompok. Kelompok pertama ini bertugas sebagai perakit bom sedangkan kelompok kedua  bertugas untuk mengurusi logistik dan juga akomodasi. Setelah pembagian kelompok selesai mereka pun melanjutkan diskusi untuk menentukan waktu pengeboman yang akan dilakukan. Awalnya bahwa mereka berencana untuk melakukan teror itu pada tanggal 11 September tahun 2002 untuk memperingati 1 tahun tragedinya World Trade Center tapi karena waktunya sudah terlalu mepet dan belum ada persiapan sama sekali akhirnya rencana tersebut pun diundurkan menjadi tanggal 12 Oktober tahun 2002. Lalu dilaksanakanlah pengeboman tersebut oleh kelompok JI yang menghasilkan banyak korban jiwa dan membuat Indonesia menerima banyak kecaman dari media Internasional.
Itulah latar belakang dan juga pelaku dari terror pengeboman pada tahun 2002, Ali Ghufron atau yang lebih dikenal sebagai Muklis (otak dari terror tersebut) yang memberikan banyak dampak besar bagi Agama, Negara, dan juga Kemanusiaan. Para pelaku utama kejadian tersebut yaitu Ali, Imam, dan Amrozi (adik ali) dijatuhkan hukuman mati. Eksekusi ketiganya telah dilaksanakan pada 8 November 2008 di Bukit Nirbaya, Nusakambangan, Cilacap, Jawa Tengah.
