Islam nusantara telah banyak menyumbang berbagai lembaga- lembaga untuk meningkatkan pendidikan di Indonesia. Dan Islam sangat mementingkan dalam belajar, dari Abu Hurairah RA, sesungguhnya Rasulullah SAW bersabda "Barang siapa menempuh jalan untuk mencari ilmu, maka Allah akan mudahkan baginya jalan ke Surga." (HR.Muslim). dari hadis tersebut terlihat bagaimana Islam memuliakan  orang orang yang belajar. Dan juga islam sangat mementingkan dalam hal mengajari orang lain dalam hal pendidikan, "sampaikan dariku walau hanya satu ayat!" (HR. al-Bukhari) .
Islam Nusantara memberikan kontribusi yang begitu besar bagi bangsa Indonesia dengan mewariskan beragam lembaga pendidikan Islam, yang  hingga kini masih eksis dan lestari. Walau lembaga pendidikan Islam sudah lama didirikan tapi tidak kalah saing dengan pendidikan negeri yang terdapat di Indonesia. Malah terdapat sisi positif dari pendidikan Islam yaitu mengkonsolidasikan nilai-nilai agama, demokrasi dalam proses berbangsa dan bernegara, dan mengajarkan akhlaq - akhlaq yang baik.
Dalam berdakwah, Walisongo juga sangat menjaga batas- batas nilai Islam yang bisa ditoleransikan dengan budaya dan yang tidak. para Walisongo tidak menjadikan budaya sebagai tolok ukur atau alat yang bisa mengubah syariat. Mereka pun bertihad agar  metode dakwahnya tidak mengubah hal-hal yang telah ditetapkan secara mutlak di dalam Islam. Hal ini diungkapkan oleh Kholili Hasib dkk dalam bukunya, Islam Nusantara : Islamisasi Nusantara atau Menusantarakan Islam
Berikut kontribusi Islam nusantara pada lembaga pendidikan di Indonesia
Pondok Pesantren
Hasani Ahmad Said dalam artikelnya di Jurnal Ibda (Desember 2011) menyebut pesantren sebagai lembaga pendidikan Islam tertua di Nusantara. Sejumlah sejarawan menyebut eksistensi pesantren terlebih dahulu hadir sebelum kedatangan bangsa Eropa di Nusantara pada abad ke-16.
Pada masa kini, pesantren dapat dibedakan menjadi dua, yaitu : pesantren tradisional, dimana cara pengajaran nya masih menggunakan kitab kuning, buku yang memuat ilmu pelajaran dengan bahasa arab tanpa harokat biasanya dan Al -- Qur'an. Â Dan kedua, pesantren modern, cara pengajaran nya sudah mengikuti standar nasional tapi tetap mempertahankan nilai klasik dan pengajaran kitab kuning dan AL-Qur'an .
Manpan Drajat  dalam artikelnya di jurnal al -- Afkar (Januari 2018) menyebut Madrasah merupakan isim makan dari kata darasa yang berarti tempat duduk untuk belajar. Dalam konteks Indonesia istilah madrsah ini telah menyatu dengan istilah sekolah formal atau perguruan di bawah binaan Departemen Agama.
Madrasah telah marak di Indonesia sebagai lembaga pendidikan sejak awal abad 20, Departemen Agama dapat dikatakan sebagai representasi umat Islam dalam memperjuangkan penyelenggaraan pendidikan Islam secara lebih meluas di Indonesia.
 Islam nusantara masih memiliki banyak kontribusi- kontribusi lain dalam memajukan pendidikan Indonesia dari zaman dulu hingga saat ini. Hal hal lain nya seperti majlis ta'lim, masjid dan surau. Dari lembaga lembaga pendidikan tersebut diharapkan pendidikan dapat menyeimbangkan antara iman, takwa, ahlak mulia dengan kecerdasan, dan ilmu pengetahuan dan teknologi dengan menjunjung tinggi agama.
