Pondok Pesantren Fadlillah terletak di Tambak Sumur Waru-Sidoarjo yang berada di tengah masyarakat. Berdiri nya Pondok Pesantren Fadlillah di mulai dengan pendidikan Al Quran untuk anak anak kecil dengan dengan sistem pendidikan tradisional oleh pendirinya yaitu KH. ABDUL GHONI . Dengan niat dan  ide gagasan dari wali santri Pondok Modern Gontor, KH. Abdul Ghoni beseta tim nya membangun pondok di sekitar wilayah tambak sumur di tahun 1997. Pada awal berdirinya Pondok Pesantren Fadlillah jumlah santri hanya ada 11 orang yang terdiri datri 10 santriwan dan 1 santriwati dengan kurikulum MTS dan MA. Seiring berjalan nya waktu dan niat yang kuat Pondok Pesantren Fadlillah bisa berkembang hingga saat ini yang di pimpin oleh putra KH. Abdul Ghoni yaitu KH. Ja'far Shodiqq (yang sekarang sudah wafat dan di gantikan oleh putra nya yaitu KH.Hifni Najih).  Di Pondok Fadlillah santri santri nya wajib menerapkan 2 bahasa asing setiap minggu nya seperti b.arab dan b.inggris guna menerapkan kosa kata yang telah di berikan kepada santri untuk tutur kata sehari hari.
Pondok Fadlillah bermoto kan:
- Berbudi Tinggi
- Berbadan Sehat
- Pengetahuan Luas
- Berfikir Bebas.
Dan adapun santri santri di sini di ajarkan sesuai denga panca jiwa pondok, yakni:
- Keikhlasan
- Kesederhanaan
- Berdikari
- Ukhuwah Islamiya
- Bebas.
Penegak kedisiplanan di Pondok Pesantren Fadlillah di pantau langsung oleh ustad/ustadzah dan di bantu oleh pengurus santriwan/santriwati bagian keamanan,agar terciptanya suasana santri yang disiplin,tentram dan damai. Dan alhamdulillah saat ini Pondok Pesantren Fadlillah mampu menampung santriwan/sntriwati yang berjumlah kurang lebih 900 santri  dan mereka mampu menerima pembelajaran dan kegiatana yang ada di pondok. Berkat doa dan restu bapak kyai,para guru , pondok pesantren fadlillah bia di terima oleh masyarakat dan bisa berkembang seperti saat ini. Semoga berdiri nya Pondok Pesantren Fadlillah bisa bermanfaat untuk generasi muda guna membangun bangsa dan agama.
