A. Fase Konsolidasi Spritual (November 1946-5 Februari 1947)
Bermula dari latar belakang sejarah berdirinya HMI serta kondisi objektif yang mendorong berdirinya HMI. Setelah mengalami berbagai proses akhirnya dijawab secara konkrit, keputusan dan kesepakatan para mahasiswa yang hadir dalam rapat untuk mendirikan HMI 5 Februari 1945.
B. Fase Pengokohan (5 Februari 1947-30 November 1947)
Roda organisasi berjalan disertai aktivitas memperkenalkan HMI secara populer di kalangan mahasiswa maupun masyarakat luas. Diforum Kongres mahasiswa seluruh Indonesia yang berlangsung di Malang tanggal 8 Maret 1947 HMI mengutus Lafran Pane  dan Asmin Nasution, Kongres mahasiswa seluruh Indonesia dapat dimanfaatkan sebagai forum perkenalan HMI dengan mahasiswa
dari kota-kota lain. Beberapa bulan setelah Kongres tersebut berdirilah cabang-cabangHMI di Klaten,Solo dan Malang. Untuk tambah kokohnya kedudukan HMI yang baru berumur 9 bulan, dilangsungkannya Kongres I HMI di Yogyakarta tanggal 30 November 1947. Terpilih Sebagai Ketua Umum PB HMI MS Mintaredja.
C. Fase Perjuangan Fisik (30 November 1947-27 Desember 1949)
HMI yang lahir dalam suasana debu dan kabut revolusi yang masih menghitam pekat terjun kegelanggang medan pertempuran memangkul senjata membantu pemerintah mengusir tentara penjajah, membela kehormatan bangsa, negara dan agama dari jajahan Belanda sampai bangsa Indonesia memperoleh kedaulatannya 27 Desember 1949. Sewaktu terjadi penghianatan dan pemberontakan PKI I di Madiun 18 September1948, HMI ikut serta dalam penumpasan pemberontakan tersebut. Sejak Affair Madiun itulah dendam kesumat PKI tertanam kepada HMI.
d. Fase Pembinaan dan Konsolidasi Organisasi (1950-1963)
Tindakan memindahkan kedudukan PB HMI pada bulan Juli 1951 dari Yogyakarta ke Jakarta, merupakan sikap arif bijaksana, Lukman E.Hakim ditunjuk sebagai Ketua PB HMI dan Mutiar Sebagai Sekjen, menggantikan Lafran dan Dahlan. Ternyata Lukman Hakim tidak mampu memulihkan citra HMI, seraya menyerahkan kepada A. Dahlan Ranuwihardja untukmemimpin dan membentuk PB HMI, sebagai tindak lanjut, setelah 5bulan memimpin, adalah mengadakan Kongres darurat HMI, yang kemudian disahkan sebgai Kongres II di Yogyakarta 15 Desember 1951. Untuk priode 1951-1953 A.Dahlan Ranuwihardja duduk Sebagai Ketum PB HMI, Sekum I dipegang oleh M.Rajab Lubis. Pembinaan anggota, dengan membentuk basis-basis, sejak dari komisariat, cabang, badko, lembaga-lembaga otonom.
E. Fase Tantangan dan Penghianatan PKI (1964-1965)
Dalam rencana kerja 4 tahun PKI 1964-1967, dimana menurut dokumen itu, HMI termasuk salah satu musuh PKI yang harus dibubarkan. Tugas untuk membubarkan HMI diserahkan kepada CGMI, organisasi mahasiswa yang bernaung dibawah PKI. Puncak aksi tuntutan pembubaran HMI terjadi dibulan September 1965, jika tanggal 13 September 1965, DN.Aidit sebagai Ketua CC PKI dianugerahi Bintang Mahaputra, pada saat yang sama pula GenerasiMuda Islam Jakarta Raya, menunjukan solidaritas pembelaan terhadap HMI, empat hari berikutnya tanggal 17 September 1965, dengan keputusan komando tertinggi Retoling Aparatur Revolusiatau Kotrar (Bung Karno), HMI dinyatakan jalan terus tidak dibubarkan. Besoknya 30 September 1965, PKI mengambil jalan pintas, sudahsiap main kekerasan, dari pada didahului lebih baik mendahului,dengan makar, mengambil kekuasaan dari pemerintah yang sah dengan pemberontakan G30S. Berkat kesiap-siagaan ABRI danrakyat yang anti PKI, dalam waktu relatif singkat Gestapu/PKI dapat digulung.
F. Fase HMI Penggerak Angkatan 66, Pelopor Orde Baru (1966-1968)
Atas inisiatif Wakil Ketua PB HMI Mar'ie Muhammad,Memprakarsai mendirikan Kesatuan Aksi Mahasiswa Islam (KAMI)
25 oktober 1965, kemudian disyahkan Manteri PTIP Prof. Dr. Syarif Thayeb, dengan tugas (1) Mengamankan Pancasila, (2) memperkuat bantuan kepada ABRI dalam penumpasan Gestapu/PKI sampai keakar-akarnya. Massa aksi KAMI yang pertama, berupa rapat umum, dilaksanakan tangga 3 november 1965 dihalaman Fakultas Kedokteran UI Salemba Jakarta.Tanggal 10 Januari 1966 KAMI mengumandangkan suara hatiNurani rakyat dalam bentuk Tritura, yang berisi: (1) bubarkan PKI, (2)Retooling Kabinet, (3) Turunkan Harga. Mengikuti kelahiran KAMI,Tanggal 9 Februari 1966 berdirilah Kesatuan Aksi Pemuda Pelajar Indonesia (KAPPI) dengan Ketum M. Thamrin dari PII. Tuntutan Retol Kabinet malah dijawab dengan pembentukan Kabinet Dwikora. Kemarahan rakyat kemudian bergejala beralamatPada Soekarno, yang dimata rakyat terkesan memandang ringanTritura. Demonstrasi-demonstrasi rakyat dalam bentuk KesatuanAksi sejak 1 Maret 1966, sudah 111 hari non stop, mencapaiPuncaknya tanggal 11 Maret 1966. Dari Aksi Massa mahasiswa dan rakyat itulah lahirnya surat Perintah 11 Maret atau Supersemar. Dengan menggunakan Supersemar, besoknya 12 Maret 1966, PKIdibubarkan dan dinyatakan dilarang diseluruh Indonesia, beserta segala organisasi mantel PKI. Setelah turunya Soekarno dan naiknya Soeharto sebagai Presiden Republik Indonesia HMI ikutmendukung pemerintahan yang baru.
G. Fase Partisipasi HMI Dalam Pembangunan dan Modernisasi (1969-1970)
Setelah tatanan orde baru mantap, maka sejak 1 April 1969dimulailah Rencana Pembangunan Lima Tahun atau Repelita. Bentuk-bentuk partisapasi HMI, anggota dan alumninya dalam eraPembagunan yang dimulai tahun 1969 hingga sekarang meliputi:
(a) partisapasi dalam pembentukan suasana, situasi dan iklim yangmemungkinkan dilaksanakan nya pembangunan,Â
(b) partisapasidalam pemberian konsep-konsep dalam berbagai aspekpemikiran,Â
(c) partisapasi dalambentuk pelaksanaan langsung dari pembagunan.
Sesungguhnya mantan pemimpin HMI 1950-an dan angkatan 66adalah generasi pertama HMI yang berpartisipasi kepadapemerintah dibawah patronase "kelompok teknokrat". Hanya sajamenurut M. Dawam Rahardja, mereka masuk ke birokrasi dan secara tegas mendukung modernisasi, tidak melalui diskusi yangsifatnya intelektual, tetapi berpartisipasi langsung dalam kegiatanpembangunan.
H. FasePergolakanPemikiran(1970-1997)
Fase pergolakan pemikiran ini muncul tahun 1970, tetapi gejala-gejalanya sudah nampak sekian tahun 1968. Generasi baru pemikir dan aktivis Islam sejak 1970-an berusaha mengembangkan dimana substansi, bukan bentuk merupakan titik-tekannya utamanya. Paham Keislaman-Keindonesiaan memberikan legitimasi kultural Dan struktural terhadap pembentukan "Negara Kesatuan Nasional" Idisini diintegrasikan secara harmonis. Tema dan agenda yang menarik perhatian mereka adalah (1)Peninjauan kembali landasan teologis atau filosofis politik Islam; (2)pendefinisian kembali cita-cita politik Islam; dan (3) peninjauan kembali tentang cara dan cita-cita politik dapat dicapai secara efektif. Adapun idealisme dan aktivisme mereka dapat dipetakan dalam tiga wilayah penting: (1) pembaharuan teologis atau keagamaan; (2) reformasi politik atau birokrasi; (3) tarnsformasi sosial
I. Fase Reformasi (Mei 1998- Sekarang)
Terlepas dari faktor dukungan politik ABRI terhadap Soeharto Mulai melemah pada tahun 1990-an, yang pasti, upaya yang telah
dirintis generasi intelektualisme baru ini membuahkan hasil. Padaera ini mulai tumbuh sikap akomodatif negara terhadap Islamdengan diterapkannya kebijakan-kebijakan yang sejalan dengankepentingan sosial-ekonomi dan politik umat Islam. Setelah itutidak ada lagi demonstrasi mahasiswa secara besar-besaransampai muncul gerakan reformasi pada tahun 1998. Tetapi hal ini tidak berarti bahwa turun kejalan itu buruk. Buktinya ketika rezimorde baru melemah mahasiswa kembali turun kejalan dan krisis moneter yang membuat Dolar Amerika ketika waktu normal hanyaRp 2.200 per dolar lalu tiba-tiba naik sampai Rp 17.000 perdolar,Akibatnya harga barang melambung tinggi, sementara pemerintahSoeharto tidak dapat mengendalikan keadaan, maka diapun jatuh.
