Pondok Pesantren menurut Nurcholis Majid adalah artefak peradaban Indonesia yang dibangun sebagai institusi pendidikan yang bersifat tradisional, religious, dan unik. Dari pengertian tersebut dapat kita pahami bahwa pondok pesantren menerapkan salah satu sistem pendidikan tradisional yang ada di Indonesia. Sehingga secara tidak langsung Pondok Pesantren menerapkan pembelajaran Keagamaan yang bersifat tradisional dan juga merupakan sistem pendidikan yang berbau kearifan lokal yang ada di Indonesia.
Di era modern ini banyaknya sekolah sekolah modern yang bermunculan disebabkan pengaruh dari negara lain dan juga dampak globalisasi, tidak membuat pondok pesantren kalah dari sekolah sekolah modern tersebut. Malah pondok pesantren menjadi salah satu lembaga pendidikan yang sangat dipercaya oleh banyak masyarakat Indonesia dan masih eksis sampai sekarang. Ini bukti bahwa sistem pendidikan tradisional yang ada di Pondok Pesantren masih eksis di tengah masyarakat karena kental akan budaya sopan santun yang masih dipegang teguh dari dulu sampai sekarang.
Di Pondok Pesantren sekarang meskipun sudah berkembang dan menyesuaikan dengan zaman masih sangat memegang teguh pembelajaran tradisonal salah satunya yaitu pembelajaran pegon dan pengajian wethon dan bandongan.Â
Pegon adalah sebuah merupakan salah satu kearifan local dari Indonesia asli, yaitu penulisan Bahasa Jawa dengan menggunakan Bahasa Arab yang biasa digunakan untuk memaknai kitab kuning. Kitab kuning merupakan kitab yang biasanya dipakai dipesantren untuk pembelajaran keagamaan baik itu Tauhid, Nahwu, Shrof, Fiqih, dan ilmu keagamaan lain yang diajrkan di pesantren.
Selanjutnya adalah pengajian wethon dan bandongan. Pengajian wethon adalah pembelajaran yang mengharuskan santri untuk mendengarkan guru membacakan kitab kuning dan santri memaknainya, sedangkan pengajian bandongan adalah pembelajaran santri untuk membacakan kitab kuning didepan guru dan menerangkannya.
 Dari penjelasan diatas pondok pesantren masih mempertahankan kearifan lokal Indonesia yang berupa pembelajaran pegon, pengajian wethon,dan bandongan, yang sampai eksis dizaman modern ini dan dipertahankan di pondok pesantren. Kita juga generasi muda harus melestarikan kearifan lokal ditengah zaman modern ini dengan mengadakan kegiatan yang bertema kebudayaan lokal disekolahnya, sehingga kearifan lokal di Indonesia bisa eksis dan bias dijadikan sumber pembelajaran dalam dunia pendidikan.
