Diskursus pemikiran distingsi Universitas Islam Negeri (UIN) Raden Fatah bergulat secara alami. Ragam pemikiran tentang distigsi UIN Raden Fatah adalah fenomena akademik yang berkembang di UIN Raden Fatah saat ini. Antara realita dan tututan secara konseptual. Antara tuntutan pasar dan percepatan pengembangan lembaga. Hubungan korelatif Islam dengan kerajaan Sriwijaya. Hubungan korelatif Islam dengan Palembang Darussalam.
Pergulatan tersebut "lumrah" adanya, karena terkait eksistensi dan pengembangan lembaga dengan melacak akar historis yang mewarnai para pemikir di UIN Raden Fatah. Dinamika arah "distingsi" perkembangan kelembagaan dan keilmuan UIN Raden Fatah memang selayaknya dibicarakan terbuka agar dinamika keilmuan dan kekhasan UIN terbaca di mata publik. Berikut diuraikan distingsi UIN Raden Fatah dengan universitas lainnya, baik dalam konteks lokal, nasional maupun internasional. Diantaranya yang paling jelas adalah berbasiskan Islam.
Berbasis Islam
Kekhasan berbasis Islam ini sudah nyata dalam singkatan UIN. "I" adalah Islam. Namun, pendalaman persoalan keislaman  ini perlu dimunculkan mengingat, UIN Raden Fatah ke depan bukan sekedar mencetak ilmuwan.  Dalam konteks "Rumah Ilmu" yang disepakati sebagai basis keilmuan, namun belum menjadi pijakan akademik untuk diturunkan dalam bentuk kerangka kurikulum dan kerangka pengembangan Fakultas. Walaupun cantumkan dalam proposal pengembangan lembaga, tetapi arah pengembangannya tidak mengacu secara filosofis dan komprehensif terhadap "rumah ilmu" yang sudah disepakati.
Kemungkinan yang dapat dikatakan bahwa basis "Islam" juga masih diperdebatkan, walau tidak secara terbuka. Namun, kontekstualisasi "rumah ilmu" dalam kerangka pengembangan lembaga semesti dapat dijadikan basis fondasinya. Tidak serta merta menentukan program studi semata-mata yang terkadang tidak ada relevansinya dengan pengembangan studi-studi keislaman. Alih-alih pengembangan menjadi sukses, justru seperti di beberapa lembaga UIN mengalami stagnasi, terutama program studi berbasis Islam.Â
Selain itu, tantangan berbasis market juga sebagai dasar yang paling "menggiurkan" dalam pengembangan kelembagaan. Mengapa tidak?. Â Tapi, para pemikirn lain selain tim perumus dan para pengkaji lain sudah selayaknya menformulasikan gagasan dalam konteks pengembangan kurikulum, sibalus, lembaga dan bahkan budaya apa yang akan diwujudkan dengan perubahan UIN tersebut.
Selain itu, terkait masalah budaya, seharus nampak dengan jelas budaya-budaya yang dikembangkan. Membandingkan budaya Islami yang diterapkan di Universitas Djuanda Bogor. Mungkin UIN bisa mengambil manfaat "distigsinya". Para dosen selalu menjaga wudhunya. Setiap memulai pembelajaran dengan membaca doa. Adanya lembaga khusus penjamin mutu keisalaman. Menerpakan shalat berjamaah. Kalau belajar dari UIN Sunan Kalijaga, dosen-dosen barunya ditatar selama empat bulan tentang budaya dan maksud dari integrasi ilmu dalam konteks jaring laba-laba.
Untuk memulai semua  tidaklah semudah membalikan telapak tangan. Sebab, jangan sampai UIN secara kelembagaan "lepas kontrol" dari keinginan mendasar tentang lembaga khas Islam. Selain itu, tetap UIN memiliki komitmen untuk tidak menerima paham apapun untuk menjaga stabilitas kelembagaan. Antisipasi seperti ini sengaja diutarakan agar jangan sampai pengembangan kelembagaan menjadi lahan empuk para teroris, fundamental dan radikal masuk ke dalam UIN Raden Fatah.
Melayu-Nusantara
Bagi UIN Raden Fatah Melayu-Nusantara adalah amanah Kementerian Agama RI, UIN Raden Fatah yang dikembangkan adalah Melayu Nusatantara, untuk itu kajian Melayu di UIN Raden Fatah. Namun, otokritik masih muncul mengingat kontroversinya Melayu di Sumatera Selatan (Sumsel). Bukan hanya itu, karena kajian tentang melayu di Sumsel masih sangat minim. Oleh karena itu, persepektif melayu-nusantara masih dipertanyakan. Jika kajian seperti Hardvard University mungkin tidak masalah.
Melayu-Nusatara mengakomodasi nilai-nilai kultural masyarakat setempat dan s sejalan dengan nilai- nilai ajaran Islam. Karenanya, kajian dan kekhasan Melayu-Nusantara menjadi sebuah tradisi Melayu- Islam. Pembentukan ini tidak lepas dari peran para ulama setempat. Setidakan dalam kelembagaan harus diperkuat dengan sistem yang mengarah ke sana yang berbasis "Islam" Â telah berhasil.
