Biasanya museum ini dijadikan tempat untuk kegiatan study tour para siswa siswi dan juga mahasiswa. Museum ini juga menyediakan tour guide nya sebagai yang memberikan informasi dan juga mengajak berkeliling museum.Â
Kalau sudah dengar kata makam pasti kita dengan mudah menyerap dengan cepat jika makam adalah tempat yang mistis atau horror. Tapi jika ke museum prasasti ini meski ini makam namun tak ada kejadian mistis yang pernah terjadi disini. Bagi yang penasaran bagaimana suasana museum saat malam hari. Kita bisa saja mengajukan permintaan kepada pengelola museum.
"Kalo malem kita permintaan khusus. Iyaa kalo ada permintaan khusus dan di setujui oleh pengelola maka kita bisa adakan acara di malam hari." Kata Edi Wahyudi.
Setelah di setujui oleh pihak pengelola kemudian bisa masuk ke dalam museum pada malam hari tentu didampingi oleh guide. Acara malam biasanya hanya keliling JMM (Jalan Malem Museum) tanpa melakukan kegiatan lain ada juga workshop dan juga games. Games nya itu mencari koleksi-koleksi di sekitaran museum.
Koleksi yang berada di dalam museum menjadi yang paling menarik untuk di bahas karena kisah di balik ceritanya itu sangat berbeda-beda.
Hal yang pertama kali kita jumpai saat masuk museum adalah koleksi patung yang di namai patung batu menangis. Cerita bermula ketika seorang istri yang baru beberapa bulan menikah suaminya tiba-tiba meninggal karena penyakit malaria dan dia tak kuat menahan kesedihan pada akhirnya dia memutuskan untuk bunuh diri dan keluarganya memesan batu seperti ini agar setiap orang-orang yang datang kesini itu bisa merasakan kesedihan yang dia alami.
Disamping patung batu menangis ada makam Dr. Hermanus Frederik Roll dia adalah pendiri Stovia yang sekarang kita kenal dengan fakultas kedokteran UI Salemba jadi ni dr. roll ini membangun stovia pada tahun 1902.Â
Disini ia memakamkan dua jenazah yaitu Dr. HF Roll sendiri dan anaknya. Dan ini adalah salah satu batu nisan yang tidak berubah-rubah tempatnya jadi dari awal pemakaman hingga sekarang tidak mengalami perubahan.
Dan berikutnya merupakan pemakaman yang masih asri juga namanya  Van Delden jabatannya kalau sekarang setara dengan menteri perdagangan jadi dia yang membuka jalur perdagangan dari Batavia ke Australia juga dia menulis buku berjudul a voyage to Australia berbeda dari yang lain adalah jasad Van Delden tidak di makamkan di dalam tanah jadi sengaja dibuat peti-peti seperti ini untuk menaruh jenazah dia dan keluarganya.Â
Selanjutnya ada Kapiten jas salah satunya makam yang di percaya bahwa jazadnya masih ada sampai sekarang karena pada saat pembongkaran di atas makam kapiten jas itu ada pohon beringin yang sangat besar sekali sehingga para petugas tak ada yang berani membongkar hingga sampai sekarang hanya makam Kapiten Jas saja yang belum tersentuh.
Beralih ke sebelah kiri museum ada makam Olivia Mariamne Raffles istri pertama gubernur Thomas S. Raffles pada saat itu Olivia lebih senang tinggal di bogor dan Raffles kemudian membuatkan taman bunga modern yang sekarang dikenal sebagai kebon raya Bogor.Â